在仲裁判决公司已履行付款义务后，您可按以下步骤处理后续事宜：
确认收款与核对金额
首先需核对公司支付的款项是否与仲裁裁决书载明的金额完全一致，包括本金、利息、违约金及仲裁费用等。若存在差额，应及时联系公司或仲裁机构确认原因。例如，若公司仅支付了本金但未支付利息，需通过书面形式要求其限期补足，并保留催款证据。
处理执行程序（如涉及）
若仲裁裁决已进入强制执行阶段且公司主动履行，可向法院提交《结案申请书》，附上付款凭证，申请终止执行程序。此举可避免因执行案件未结而影响个人或企业信用记录。若公司未完全履行，需立即向法院申请强制执行，并提供财产线索。
税务与财务合规处理
根据款项性质，需区分是否属于应税收入。例如，若仲裁赔偿涉及违约金或赔偿金，可能需按“偶然所得”缴纳个人所得税。建议咨询财务人员或税务机关，确保合规申报，避免后续税务风险。
内部流程与证据归档
若您代表企业，需完成内部审批流程，将仲裁裁决书、付款凭证等文件归档至法务或档案部门，以备后续审计或纠纷。若为个人，建议保存所有书面材料至少5年，防止未来出现争议。
关注时效与后续权利
需注意仲裁裁决的履行期限。若公司未在裁决书指定的期限内付款，您有权自期限届满之日起2年内申请强制执行。此外，若仲裁裁决涉及持续义务（如分期付款），需定期跟进履行情况，防止公司中断支付。
如有其他疑问，例如对仲裁程序有异议或需进一步维权，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细方案。