在面临男方出轨且有两个孩子的离婚案件时，法院的判决会综合考虑多个方面，以确保判决的公平性和合理性。以下是对这一问题的详细解答：
一、孩子抚养权的判决
孩子年龄与意愿：
- 如果孩子已经成年，法院会尊重其个人意愿，由其自主选择跟随哪一方生活。
- 如果孩子未成年，法院会重点考虑孩子的年龄、性别、生活习惯以及双方的抚养能力和条件，以保障孩子的最大利益为原则进行判决。
抚养能力与条件：
- 法院会评估双方的经济状况、生活环境、教育背景等，以判断哪一方更能为孩子提供稳定、健康、有利的成长环境。
- 出轨行为虽然不是直接决定抚养权的关键因素，但会影响法官对双方道德品质和责任感的判断，从而间接影响抚养权的归属。
抚养权分配：
- 在一般情况下，如果双方都争取抚养权，法院可能会考虑一方抚养一个孩子，以平衡双方的抚养责任。
- 但如果一方存在明显不利于孩子成长的情形（如虐待、遗弃等），法院可能会将两个孩子都判给另一方。
二、财产分割的判决
照顾无过错方原则：
- 根据《民法典》的规定，离婚时夫妻共同财产应由双方协议处理；协议不成的，由法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
- 在男方出轨的情况下，女方作为无过错方，在财产分割上可能会得到适当的倾斜，即可能多分一些财产。
子女抚养与财产关联：
- 如果女方取得了两个孩子的抚养权，法院在财产分割时也可能会考虑保障孩子的生活和教育需求，从而对女方进行适当的财产倾斜。
个人财产与共同财产的区分：
- 法院在分割财产时，会明确区分个人财产和共同财产。各自的婚前财产归个人所有，不参与分割。
- 只有夫妻共同财产才会被分割，且分割比例会结合案件实际情况进行判定。
损害赔偿请求：
- 如果女方能够证明因男方出轨而遭受了精神损害，她还有权请求损害赔偿，包括精神损害赔偿等。
三、实际操作建议
- 收集证据：女方应尽量收集男方出轨的有效证据，如聊天记录、照片、视频等，以在财产分割和抚养权争夺中争取更有利的结果。
- 协商与调解：在可能的情况下，双方可以尝试通过协商或调解来解决争议，以减少对孩子的伤害和诉讼成本。
- 寻求法律帮助：如果双方无法达成一致，建议寻求专业的法律帮助，以确保自己的权益得到充分保障。
综上所述，法院在判决男方出轨且有两个孩子的离婚案件时，会综合考虑孩子抚养权、财产分割等多个方面，以确保判决的公平性和合理性。