结论：法院能否执行债务人在农村荒地上建的厂房，需结合土地性质、厂房合法性及执行程序综合判断，具体分以下情况分析。

1. 若荒地属于集体建设用地且厂房合法

根据《土地管理法》及《民法典》相关规定，集体建设用地使用权可依法流转，若债务人通过合法程序（如与村集体签订用地协议、办理规划许可等）取得荒地使用权并建造厂房，法院可对该厂房进行查封、拍卖等执行措施。但需注意：

• 执行时需优先保障集体经济组织成员的权益（如优先购买权）；
  
• 若厂房涉及抵押，抵押权人可优先受偿；
  
• 执行程序需符合《民事诉讼法》关于不动产执行的规定。

2. 若荒地属于农用地且厂房未办理合法手续

根据《土地管理法》第七十七条，未经批准将农用地转为建设用地的，属于违法用地行为。此时：

• 厂房可能被认定为违法建筑，法院可能不予执行，或需先通过行政程序（如自然资源部门处罚、补办手续）确认其合法性；
  
• 若行政机关已作出拆除决定，法院可能中止执行，待行政程序终结后恢复；
  
• 债务人可能面临行政处罚（如罚款、没收），但处罚不影响债权人对债务人其他合法财产的执行。

3. 若荒地性质存疑或权属不清

若荒地权属存在争议（如未确权、多主体主张权利），法院可能：

• 中止执行，要求债权人先通过行政确权或民事确权诉讼明确权属；
  
• 要求债权人提供担保后继续执行，但风险较高；
  
• 引导当事人通过协商或调解解决权属问题，再恢复执行。

4. 执行中的特殊情形

• 厂房涉及第三方权益：如租赁、共有等，法院需保护第三方合法权益，可能限制执行范围；
  
• 债务人无其他财产：若厂房是唯一可执行财产，法院可能协调集体经济组织或政府收购，以变现偿债；
  
• 执行异议：债务人或案外人可提出执行异议，法院需审查异议理由是否成立。

建议：

1. 债权人应先委托律师调查荒地性质、厂房合法性及权属情况；
   
2. 若厂房合法，及时申请法院查封并推进评估、拍卖程序；
   
3. 若厂房违法，可考虑通过行政诉讼推动确权或协商处置；
   
4. 执行过程中注意程序合法性，避免因程序瑕疵导致执行被撤销。
   

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供更精准的分析。