法院执行拍卖的房产所得款项，在公司破产清算时，通常应归破产清算程序处理。以下是对此问题的详细分析：
一. 拍卖房款归属的法律基础
拍卖款项的性质：根据执行程序的规定，法院拍卖房产所得款项属于被执行人的财产。在拍卖程序完成后，买受人取得房产所有权，而拍卖款项则作为被执行人的财产，用于清偿其债务。
破产财产的认定：根据《中华人民共和国企业破产法》第三十条的规定，破产申请受理时属于债务人的全部财产，以及破产申请受理后至破产程序终结前债务人取得的财产，为债务人财产。因此，如果拍卖款项在企业破产申请受理前已经存在，且尚未用于清偿债务，那么这部分款项应属于破产财产的一部分。
二. 拍卖房款与破产清算的关系
拍卖时间的影响：在本案中，拍卖发生在公司破产前6个月。根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，人民法院受理破产申请前六个月内，债务人有不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的情形，仍对个别债权人进行清偿的，管理人有权请求人民法院予以撤销。但这一规定主要针对的是个别清偿行为，而拍卖作为公开、公平的执行程序，其性质与个别清偿有所不同。因此，在拍卖程序合法且已完成的情况下，拍卖款项的归属通常不受此规定的影响。
破产清算程序的处理：一旦公司进入破产清算程序，所有属于破产企业的财产，包括拍卖款项，都应纳入破产清算范围。破产管理人将负责对这些财产进行清查、评估、变价和分配，以清偿破产企业的债务。
三. 拍卖房款的分配顺序
如果拍卖款项被认定为破产财产，其分配顺序将遵循《中华人民共和国企业破产法》的相关规定。一般来说，破产财产的分配顺序为：首先清偿破产费用和共益债务；其次是职工债权，包括职工的工资、医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；然后是税款债权；最后是普通债权。
我建议：在本案中，如果拍卖款项尚未用于清偿债务，且公司随后进入破产清算程序，那么这部分款项应被视为破产财产的一部分，并纳入破产清算程序进行处理。破产管理人将按照法定的清偿顺序对这部分款项进行分配。如有进一步需要，您可以继续咨询我。