预付款和安全文明施工费不是一起支付的，它们是两个独立且不同的费用项目。以下从几个方面详细解释：

一、定义与性质

1. 预付款：是在工程合同签订后，根据合同约定或双方协商，由业主提前支付给承包商的一部分工程款项。其目的是为了帮助承包人解决前期资金周转问题，确保交易能够正常进行。预付款属于主合同给付的一部分，性质上属于清偿行为，但其支付并不构成合同的履行，而是资助对方履行合同义务的方式。

2. 安全文明施工费：全称安全防护、文明施工措施费，是依据国家现行的建筑施工安全、施工现场环境与卫生标准和有关规定而设立的专项费用。它用于购置和更新施工防护用具及设施，改善安全生产条件和作业环境，以保障施工工地的安全和环境文明。此费用具有专款专用的特点，不属于预付款的范畴。

二、支付目的与时间

1. 支付目的：预付款主要解决承包人的前期资金问题，而安全文明施工费则专门用于保障施工安全和环境文明。

2. 支付时间：预付款通常在合同签订后的初期支付，而安全文明施工费可能根据工程进度或合同约定的其他方式进行支付。例如，根据《建设工程价款结算暂行办法》的规定，发包人应在双方签订合同后的一个月内或不迟于约定的开工日期前的7天内预付工程款，但并未规定安全文明施工费需在此阶段一并支付。

三、法律与合同规定

根据相关法规和计价规范，安全文明施工费属于不可竞争费用，应专款专用。同时，如果发承包双方在合同中明确约定了预付款中安全文明施工费的处理方式，应优先按照合同约定执行，但不得违反法律法规的强制性规定。然而，从实际操作和法律规定来看，预付款中并不包含安全文明施工费，因此两者不是一起支付的。

四、实践操作建议

在实际操作中，业主和承包商应严格按照相关法律法规和合同约定进行处理。业主在支付预付款时，应明确预付款的金额、支付时间和方式，并确保预付款不包含安全文明施工费等其他专项费用。承包商在收到预付款后，应合理使用资金，确保工程顺利进行，并按照合同约定和法律规定使用安全文明施工费，保障施工安全和环境文明。

总结：预付款和安全文明施工费在性质、用途和支付方式上存在明显区别，它们不是一起支付的。在实际操作中，应严格按照相关法律法规和合同约定进行处理，确保各方权益得到妥善保护。如果您在建设工程合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。