房屋贷款逾期后，只有还房贷的卡还在使用，该卡是否会被冻结取决于逾期的具体情况和银行的政策。以下是对此问题的详细分析：

一、一般逾期情况

在房屋贷款刚逾期时，银行通常不会立即采取冻结银行卡这种激进措施。因为冻结会对借款人的日常生活和资金流转产生较大影响，银行更倾向于通过温和的方式来解决逾期问题。初期，银行会通过电话、短信等方式提醒借款人还款，并给予一定的宽限期来筹集资金偿还逾期款项。因此，如果只是短期或偶尔的逾期，且借款人积极与银行沟通，通常不会导致银行卡被冻结。

二、长期逾期及法律措施

然而，如果借款人的房屋贷款长期逾期不还，且多次催收无果，银行可能会采取以下法律手段来维护自身权益：

1. 银行起诉：银行会向法院提起诉讼，要求借款人偿还贷款本金、利息以及逾期产生的罚息等费用。
2. 法院判决：法院受理案件并审理后，会根据事实和法律作出判决。若银行证据充分，法院通常会判决借款人在规定期限内偿还欠款。
3. 强制执行：若借款人未按判决履行还款义务，银行可申请强制执行。法院有权查询、冻结、划拨被执行人的存款，此时借款人的银行卡（包括还在使用的还房贷的卡）有可能被冻结。法院会向相关银行发出协助执行通知书，银行接到通知后会按要求对借款人的银行卡进行冻结操作。

三、银行政策及建议

值得注意的是，不同银行对于逾期的处理政策可能有所不同。一些银行可能在逾期初期就采取更为严格的措施，而另一些银行则可能更加宽容。因此，借款人应了解自己所贷款银行的具体政策，并在出现逾期时及时与银行沟通，寻求解决方案。

为避免不必要的麻烦和损失，我建议借款人：

1. 按时还款：确保每月按时偿还房贷，避免逾期产生罚息和不良信用记录。
2. 积极沟通：如确实遇到还款困难，应及时与银行联系，说明情况并寻求帮助。银行可能会根据借款人的实际情况，提供展期、调整还款计划等解决方案。
3. 关注法律后果：了解长期逾期可能面临的法律后果，包括银行卡被冻结、房产被查封拍卖等，以便及时采取措施避免损失。

综上所述，房屋贷款逾期后只有还房贷的卡还在使用，该卡是否会被冻结取决于逾期的具体情况、银行的政策以及是否采取了法律手段等。因此，借款人应时刻关注自己的还款情况，并与银行保持有效沟通，以确保自身权益不受损害。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。