合同中未明确工程价款是否含税时，一般应推定价格含税，但具体处理需结合合同条款、税法规定及交易习惯综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同约定的优先性

1. 明确约定优先：

   • 若合同中明确写明“合同价款为含税价”，则表明价款已包含税费，卖方无需额外收取税款。
   • 若明确约定“合同价款为不含税价”，则在结算时，买方需另行支付相应税款。

2. 未明确约定的处理：

   • 在合同未明确约定工程价款是否含税的情况下，通常需根据税法规定和交易习惯来判断价款性质。
   • 增值税作为价外税，在未特别约定时，一般默认交易价格为含税价。但特定行业或交易场景中可能存在不同习惯，需结合实际情况判断。

二、税法规定与交易习惯的考量

1. 税法规定：

   • 根据《中华人民共和国价格管理条例》及相关税法规定，商品价格构成通常包括生产商品的社会平均成本、税金、利润以及正常的流通费用。在未明确约定时，应推定价格含税。
   • 增值税作为价外税，其处理需遵循税法规定。若合同未明确约定，税务机关可能将合同价款视为不含税价，从而要求卖方补缴税款。

2. 交易习惯：

   • 多数合同在实际交易中默认价款为含税价，因交易各方更关注支付、收取的总价款。但这一习惯并非绝对，需结合具体行业和交易场景判断。
   • 在建设工程领域，由于工程价款通常较大，且涉及多种税费，因此更需在合同中明确约定价款性质及相关税务条款。

三、不含税合同的合法性与开票义务

1. 合法性：

   • 合同中约定“不含税价款”并不违反民事法律规范或税收法律规范，是双方意思自治的体现，应认定有效。
   • 但需注意，即使约定了不含税价款，开票方仍有基于法律、行政法规的强制性开票义务。双方约定不开具发票的，因违反法律法规而无效。

2. 开票义务：

   • 根据《民法典》及相关司法解释，出卖人应当按照约定或者交易习惯向买受人交付提取标的物单证以外的有关单证和资料，包括普通发票、增值税专用发票等。
   • 因此，即使合同未明确约定价款是否含税，开票方仍有义务在收到款项后开具相应的发票。

四、实际操作建议与风险防范

1. 明确约定：

   • 为避免后续纠纷，双方在签订合同时应明确约定价款是否含税，以及税款的计算方式、承担方等相关条款。
   • 建议将税务条款具体化，包括税率、税款支付方式等细节，以确保合同的明确性和可执行性。

2. 法律咨询：

   • 对合同价款是否含税存在疑问或争议时，应及时咨询专业律师或税务顾问，以获取准确的法律意见和税务指导。
   • 律师或税务顾问可以根据您的具体情况，为您提供针对性的建议和解决方案。

3. 税务合规：

   • 确保合同约定的税务条款符合相关法律法规要求，避免因税务问题导致的法律风险和经济损失。
   • 定期对合同进行审查和更新，以确保其始终符合最新的税法规定和交易习惯。

五、可能面临的法律后果

1. 税务风险：

   • 若合同未明确约定价款是否含税，且税务机关将合同价款视为不含税价，则卖方可能面临补缴税款、滞纳金和罚款的风险。
   • 买方也可能因卖方未开具发票而无法进行税前扣除，从而增加企业所得税负担。

2. 合同纠纷：

   • 因合同价款是否含税问题引发的纠纷，可能导致双方关系紧张，甚至引发诉讼或仲裁。
   • 诉讼或仲裁过程中，双方需投入大量时间、精力和金钱，对双方均不利。

建议您在签订合同时务必明确约定工程价款是否含税，并详细规定相关税务条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。