小区里有违建，主要由城市管理综合行政执法部门、城乡规划主管部门以及乡镇人民政府（针对乡、村庄规划区内的小区）负责管理和查处。具体来说：
城市管理综合行政执法部门：
- 职责：该部门拥有住房城乡建设领域的行政处罚权，包括对小区内未经规划许可擅自搭建建筑物、构筑物等违建行为的查处。他们负责调查、认定违建行为，并依法作出责令停止建设、限期拆除等处罚决定；在必要时，可组织强制拆除行动。
- 法律依据：《城市管理执法办法》第八条规定了城市管理执法的行政处罚权范围，包括住房城乡建设领域法律法规规章规定的行政处罚权。
城乡规划主管部门：
- 职责：负责监督小区建设项目是否符合城乡规划，对违建行为进行认定和处理。对于复杂或涉及规划布局关键问题的违建，提供处理指导。若认定违章后，会将案件移交城管或其他相关部门执行。
- 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定，对于未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定进行建设的行为，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责查处。
乡镇人民政府（针对乡、村庄规划区内的小区）：
- 职责：对位于其辖区内的违建行为，有权责令停止建设、限期改正或拆除。
- 法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条规定，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定进行建设的，由乡镇人民政府负责管理和查处。
处理建议与流程：
- 初步沟通协商：发现违建行为后，建议先与邻居或物业进行沟通协商，尝试通过和解方式解决。
- 向相关部门举报：若协商无果，应向当地的城市管理综合行政执法部门或城乡规划主管部门（根据小区所在区域及具体情况选择）进行举报，并提供详细的证据材料，如照片、视频等。
- 配合调查处理：在相关部门进行调查处理过程中，应积极配合，提供必要的信息和支持。
- 关注处理结果：对处理结果进行跟踪关注，确保违建行为得到妥善解决。
其他注意事项：
- 小区业主委员会和物业服务企业虽不具备直接查处违建的权力，但发现违建行为时应及时劝阻，并向相关部门报告，配合有关部门开展工作。
- 若违建行为涉及多个部门或存在复杂情况，可能需要多个部门协同合作与共同努力来解决问题。
作为业主或相关利益方，在发现小区内有违建行为时，应了解各部门的职责与权限，遵循正确的处理流程，以维护小区的规划和秩序。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。