结论前置：
“保密协议签订了，诉讼除外”这一条款的核心含义是，协议双方约定在保密义务的履行上，不因诉讼程序的启动而免除或限制保密责任。即，即使双方因纠纷进入诉讼阶段，仍需继续遵守保密协议中的约定，不得泄露协议约定的保密信息。

1. 条款的直接含义

保密协议中的“诉讼除外”条款，通常是为了明确：

• 保密义务的持续性：即使双方因合同履行、违约等争议进入诉讼（如仲裁、法院诉讼），保密义务仍独立存在，不因诉讼程序的启动而终止。
  
• 诉讼中的保密要求：在诉讼过程中，双方可能需提交涉及保密信息的证据或材料，但该条款会限制披露范围（如仅限必要人员知悉），或要求对保密信息采取保护措施（如申请不公开审理、证据密封等）。
  

示例：若A公司与B员工签订保密协议，约定“诉讼除外”，后B因离职纠纷起诉A公司。即使诉讼中B需提交A的商业秘密作为证据，B仍需遵守保密协议，不得将证据内容泄露给第三方。

2. 条款的潜在目的

• 防止诉讼成为泄密借口：若未约定“诉讼除外”，一方可能以“诉讼需要”为由，随意披露保密信息，损害对方利益。
  
• 平衡诉讼权利与保密义务：既保障双方通过法律途径解决争议的权利，又防止诉讼程序被滥用为泄密工具。
  
• 维护商业秘密或隐私：尤其适用于涉及技术秘密、客户名单、个人隐私等敏感信息的协议。

3. 实务中的注意事项

• 条款明确性：建议进一步细化“诉讼除外”的具体范围，例如：
  
  • 诉讼中披露保密信息的条件（如需法院批准）；
    
  • 披露后的保密措施（如限制复制、禁止传播）；
    
  • 违约责任（如因诉讼泄密需承担的赔偿）。
    
• 与诉讼程序的衔接：若诉讼中需披露保密信息，可依据《民事诉讼法》或《仲裁法》申请“证据保护令”或“不公开审理”，避免与保密协议冲突。
  
• 行业特殊性：在金融、医疗、科技等领域，保密协议可能需符合行业监管要求（如《个人信息保护法》《数据安全法》），此时“诉讼除外”条款需与监管规定协调。

4. 若条款未约定“诉讼除外”的后果

若保密协议未明确排除诉讼对保密义务的影响，实践中可能产生争议：

• 主张保密义务持续：一方可能认为，保密义务是独立于合同主义务的从义务，不因诉讼终止。
  
• 主张诉讼程序优先：另一方可能认为，诉讼中的证据披露是法定权利，保密协议不得限制。
  建议：为避免争议，应在协议中明确约定“诉讼除外”条款，或通过补充协议明确诉讼中的保密规则。

总结：
“保密协议签订了，诉讼除外”的核心是保密义务不因诉讼而免除，但需通过条款细化明确诉讼中的披露规则和保护措施。若您是协议一方，建议结合具体场景（如商业秘密、个人信息等）进一步完善条款，避免后续纠纷。如有具体协议文本或案例，可进一步向我咨询细节。