针对与非法改装且用于营运的车辆发生事故的情况，处罚主要涉及两个方面：一是对非法改装行为的处罚，二是对事故责任的认定与处理。以下是对这两个方面的详细分析：
一、对非法改装行为的处罚
根据《中华人民共和国道路运输条例》的相关规定，客运经营者、货运经营者不得擅自改装已取得车辆营运证的车辆。若违反此规定，将由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令改正，并处以5000元以上2万元以下的罚款。这一处罚措施旨在维护道路运输市场的秩序，确保车辆符合国家规定的技术标准，从而保障道路交通安全。
具体处罚情形：
- 若改装车辆的行为轻微，能当场恢复原状，且不影响车辆安全技术性能，同时满足首次违法、按执法部门要求整改并恢复原状、未因改装造成交通事故等危害后果、该违法行为被查处的同时不存在超限超载或超员运输违法行为等条件，可能会从轻或免于处罚。但这种情况较为特殊，需严格满足多项条件。
- 在大多数情况下，若车辆被非法改装且用于营运，一旦被发现，将直接面临5000元以上2万元以下的罚款。
二、对事故责任的认定与处理
当与非法改装且用于营运的车辆发生事故时，事故责任的认定将依据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关实施条例进行。具体来说：
事故责任认定原则：
- 事故责任认定将综合考虑各方当事人的行为对事故发生的作用以及过错的严重程度。
- 若非法改装车辆的行为与事故发生存在因果关系，如改装导致车辆性能下降、制动失灵等，那么改装方将承担相应的责任。
可能的事故责任划分：
- 若非法改装车辆是事故的主要或全部原因，那么改装方将承担主要或全部责任。
- 若事故是由多方因素共同导致的，如非法改装车辆与另一方均存在过错，那么责任将根据各方过错的严重程度进行划分。
事故处理流程：
- 发生事故后，应立即报警并保护现场。
- 交警部门将到场进行勘查、调查取证，并出具事故责任认定书。
- 根据事故责任认定书，各方当事人将进行赔偿协商或通过法律途径解决纠纷。
建议与提醒：
- 对于车主而言，应严格遵守相关法律法规，不得擅自改装车辆，更不得将非法改装车辆用于营运。
- 若发生事故，应积极配合交警部门的调查取证工作，并依法承担相应的责任。
- 在处理事故过程中，若遇到法律问题或纠纷，可及时咨询专业律师以获取法律帮助。
若您有任何关于交通运输事故责任认定的法律问题，欢迎直接向我咨询。