针对您提出的“虚开普通发票累计3万元怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，虚开普通发票累计达到3万元，已经构成了情节严重的标准。根据相关法律法规，对于此类行为，税务机关会采取一系列的处罚措施。
没收违法所得： 税务机关会对虚开发票所获得的违法收入进行没收。这是为了从根源上杜绝违法获利，确保税收的公平性和合法性。
罚款： 除了没收违法所得外，税务机关还可以对虚开发票的行为并处1万元以上5万元以下的罚款。罚款的具体金额会根据虚开发票的情节、造成的后果以及违法者的态度等因素进行综合判定，目的是起到惩戒作用。
刑事责任： 如果虚开发票的行为构成犯罪，那么将依法追究刑事责任。一般情况下，可能会处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。如果情节特别严重，可能会处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
单位犯罪的处理： 如果是单位犯此罪，不仅要对单位判处罚金，还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员按照上述规定进行处罚。这意味着，单位内部的负责人和相关责任人员也需要承担相应的法律责任。
具体量刑的判定： 需要强调的是，具体量刑并非固定不变。司法机关会结合案件的具体情节、造成的后果以及违法者的悔罪表现等因素进行综合判定。因此，每个案件的处理结果都可能有所不同。
以您提到的案例为例，小朱作为公司的负责人，指使会计虚开了3万元的普通发票。税务机关在税务检查中发现了这一情况，并认定该行为属于虚开普通发票情节严重的情形。根据相关法律法规，小朱所在的公司不仅会被没收违法所得，还可能面临罚款。如果该行为构成犯罪，小朱作为直接负责的主管人员，也将依法承担刑事责任。
综上所述，虚开普通发票累计3万元是一个严重的违法行为，会面临没收违法所得、罚款以及可能的刑事责任。因此，我建议您或任何相关人员务必遵守税收法律法规，不要进行任何虚开发票的行为。如果已经发生了此类行为，应尽快向税务机关自首并配合调查，以减轻可能的法律后果。