与母公司发生业务但开票给子公司，这一行为是否合法，需分情况讨论：
若业务实际发生在母公司与子公司之间，且交易真实、合法、有效：
- 在这种情况下，如果业务实质上是子公司与母公司进行的交易，比如子公司向母公司销售了货物或提供了服务，那么按照税法规定，子公司应当向母公司开具发票。这种开票行为是合法的，因为它反映了真实的交易关系，并且符合税务和财务的合规性要求。
- 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，子公司作为独立法人，有权进行独立的民事活动，包括与母公司进行交易并开具发票。同时，税法也要求发票的开具必须基于真实的交易行为。
若业务实际发生在母公司与第三方之间，但错误地开票给了子公司：
- 在这种情况下，开票行为是不合法的。因为发票的开具必须基于真实的交易关系，如果业务实际并未在母公司与子公司之间发生，而是与第三方进行的，那么将发票开具给子公司就构成了虚开发票的行为，这是违反税法和相关财务规定的。
- 法律后果：虚开发票可能导致税务处罚，包括罚款、滞纳金等，甚至可能涉及刑事责任。同时，这种行为也可能损害公司的财务和税务合规性，影响公司的声誉和信誉。
若存在利用关联关系进行利益输送或损害其他股东利益的情况：
- 在母公司与子公司的关联交易中，如果双方利用关联关系进行不公平的交易，比如通过不合理的价格或条件进行交易，以实现利益输送或损害其他股东的利益，那么这种开票行为也是不合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第二十一条的规定，公司的控股股东、实际控制人、董事、监事、高级管理人员不得利用其关联关系损害公司利益。如果违反这一规定，将可能承担赔偿责任。
- 法律建议：在关联交易中，双方应特别注意遵守相关法律法规，确保交易的公平性和合理性。交易价格应公允、条件应合理，以避免任何形式的利益输送或损害其他股东利益的行为发生。
总结与建议：
- 在与母公司发生业务时，应确保开票对象与实际交易对象一致，以避免虚开发票的风险。
- 如果业务实际发生在母公司与子公司之间，且交易真实、合法、有效，那么开票给子公司是合法的。
- 如果存在利用关联关系进行利益输送或损害其他股东利益的情况，应立即停止这种行为，并采取措施进行纠正。
- 在进行任何交易时，都应遵守相关法律法规和税务规定，确保交易的合规性和合法性。
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