药店销售医疗器械库存与实际不符，可能面临以下处罚：
行政处罚：
- 根据《医疗器械监督管理条例》第八十六条，若药店存在生产、经营、使用不符合强制性标准或者不符合经注册或者备案的产品技术要求的医疗器械等情形，由负责药品监督管理的部门责令改正，没收违法生产经营使用的医疗器械。
- 违法生产经营使用的医疗器械货值金额不足1万元的，并处2万元以上5万元以下罚款；货值金额1万元以上的，并处货值金额5倍以上20倍以下罚款。
- 情节严重的，责令停产停业，直至由原发证部门吊销医疗器械注册证、医疗器械生产许可证、医疗器械经营许可证。对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，没收违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入30%以上3倍以下罚款，10年内禁止其从事医疗器械生产经营活动。
免责情形：
- 根据《医疗器械监督管理条例》第八十七条，若药店履行了进货查验等义务，有充分证据证明其不知道所经营、使用的医疗器械为不符合法定要求的医疗器械，并能如实说明其进货来源的，收缴其经营、使用的不符合法定要求的医疗器械，可以免除行政处罚。
具体处罚流程：
- 立案责任：发现药店涉嫌销售医疗器械库存与实际不符的违法行为，予以审查，决定是否立案。
- 调查责任：对立案的案件，指定专人负责、及时组织调查取证，与当事人有直接利害关系的应当回避。执法人员不得少于两人，调查时应出示执法证件，听取当事人辩解陈述并作记录。执法人员应保守有关秘密。
- 审查责任：审查案件调查报告，对案件违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度、当事人陈述和申辩理由等方面进行审查，提出处理意见。
- 告知责任：作出行政决定前，应制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。符合听证规定的，制作《行政听证告知书》。
- 决定责任：制作行政决定书，属于重大行政处罚的应依照相关规定进行集体讨论。
- 送达责任：行政处罚文书应按照法定方式送达当事人。
- 执行责任：依照生效的行政处罚决定书，执行相应的行政处罚。
- 信息公开责任：主动公开具有一定社会影响的行政处罚决定。
法律建议：
- 药店应严格遵守《医疗器械监督管理条例》等相关法律法规，确保销售的医疗器械库存与实际相符，避免违法行为的发生。
- 若药店发现自身存在库存与实际不符的情况，应立即采取措施进行整改，并主动向药品监督管理部门报告，以减轻或免除可能的行政处罚。
- 药店应建立健全的进货查验记录制度，确保所经营的医疗器械来源合法、质量可靠，降低法律风险。
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