结论：女方在获得抚养权后，即使出生证明被男方扣留，仍可以通过合法途径为宝宝办理户口登记。以下是具体分析：

1. 出生证明被扣留不影响户口登记的法律依据

根据《中华人民共和国户口登记条例》第七条，婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。法律未要求必须提供出生证明原件，但实践中出生证明是证明亲子关系和出生事实的核心材料。若原件被扣留，可通过以下方式解决：

• 申请补发出生证明：向原签发机构（如医院）申请补办，需提供父母身份证、户口本、接生记录等材料。若男方拒绝配合，可凭法院生效的抚养权判决证明亲子关系。
• 使用法院判决替代：若出生证明无法补办，可提交法院关于抚养权、亲子关系的判决书作为辅助材料，配合其他证明（如接种记录、医院出生记录）完成户口登记。

2. 抚养权判决是户口登记的关键依据

女方获得抚养权后，法院判决已明确其作为法定监护人的身份。根据《民法典》第一千零七十二条，父母对未成年子女负有抚养、教育和保护的义务，监护权包括办理户口登记的权利。户口登记机关不得以出生证明被扣留为由拒绝办理，否则可能构成行政不作为。

3. 实务操作建议

• 第一步：补办或替代出生证明
  优先联系原签发医院补办出生证明。若男方阻挠，可向法院申请强制执行，要求其配合提供必要材料（如身份证复印件），或直接凭抚养权判决申请补办。
• 第二步：向公安机关提交户口申请
  携带抚养权判决书、女方身份证、户口本、宝宝照片等材料，向户籍地派出所提交申请。若派出所要求出生证明，可书面说明情况并附上补办申请的回执或法院判决，要求其依法办理。
• 第三步：投诉或行政诉讼
  若公安机关无正当理由拒绝，可向其上级部门投诉，或以“不履行法定职责”为由提起行政诉讼，要求强制办理户口登记。

4. 特殊情况处理

• 若宝宝未办理出生医学证明：可凭亲子鉴定报告（需司法鉴定机构出具）和法院判决，直接向公安机关申请户口登记。
• 若男方隐匿宝宝下落：立即向法院申请执行抚养权判决，要求男方交出宝宝，并同步申请户口登记。

总结：出生证明被扣留不构成户口登记的实质性障碍，女方可通过补办证明、提交法院判决等合法途径完成登记。如有具体操作问题，可进一步向我咨询细节。