法人要注销公司但股东不配合时，可以采取以下措施来解决问题：

1. 协商沟通：

   • 法人应首先与不配合的股东进行充分沟通，了解其不配合的具体原因。
   • 通过协商，尝试达成一致意见，明确告知股东注销公司的必要性和对各方的影响，争取股东的理解与配合。例如，可以解释公司当前的经营状况、市场前景以及注销后对股东利益的长远影响等。

2. 依据公司章程处理：

   • 查看公司章程中关于公司注销的相关规定，特别是关于股东表决权和决策程序的内容。
   • 若章程规定了一定比例的表决权通过即可决定注销，且法人方的表决权满足要求，那么可以依据章程规定推进注销程序。
   • 若章程规定股东需一致同意方可注销，而部分股东不配合，则需要考虑其他解决办法，如修改章程（需符合法定程序）或寻求法律途径。

3. 召开股东会并作出决议：

   • 根据公司法和公司章程的规定，召集股东会，对公司注销事项进行表决。
   • 若经代表三分之二以上表决权的股东通过（具体比例可能因公司章程而异，但一般不低于三分之二），可作出公司解散决议。
   • 即便部分股东不配合，只要决议达到法定或章程规定的表决权比例，该决议仍然有效。

4. 通过法律途径解决：

   • 如果协商无果，且股东会决议有效但部分股东仍不配合，法人可以向法院提起诉讼。
   • 请求法院判决确认股东会决议的效力，并要求不配合的股东协助办理注销手续。
   • 法院会根据具体情况进行审理和判决，以维护各方的合法权益。在诉讼过程中，法人需提供充分的证据证明注销公司的合理性和必要性，如公司财务状况、市场前景分析、股东会决议等。

5. 清理公司债务和资产：

   • 在推进注销过程中，必须依法对公司的债权债务进行清理，处理好资产分配等问题。
   • 确保注销程序合法合规，避免因债务问题或资产分配不当而引发新的法律纠纷。例如，可以成立清算组，负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、制定清算方案等。

在处理此类问题时，还需要注意以下法律后果和关联问题：

• 若股东不配合导致无法正常注销公司，可能会面临后续税务异常的风险，企业会持续产生相关税务费用，甚至影响法人的个人征信。
• 如果公司存在债务问题，在未完成注销且股东不配合的情况下，法人可能要承担更多的责任。例如，债权人可能要求法人承担连带清偿责任。

针对不同情况，还可以考虑以下具体做法：

• 对于持股比例较大且不配合的股东，可以尝试通过给予一定补偿或解决其担忧的问题来达成一致。
• 若股东之间存在矛盾或利益冲突，可以考虑引入第三方调解机构或专业律师进行调解。
• 在整个过程中，务必保留好相关证据和文件，如股东会决议、协商记录、诉讼材料等，以备不时之需。

有问题可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。