结论前置：农村宅基地确权少于三分地是否合法，需结合具体情况判断。若确权面积符合当地政策标准、历史遗留问题处理规定或测量误差允许范围，则合法；若因登记错误、规划调整未补偿或违法超占未处理导致，则可能不合法。以下从多角度详细分析：

一、合法情形：符合政策或历史遗留问题处理规定

1. 当地政策标准低于三分地
   若当地宅基地分配政策明确规定人均或每户标准低于三分地（如某些地区因土地资源紧张，规定每户不超过两分地），且确权程序合法（如公示无异议、手续齐全），则确权少于三分地合法。
   例子：某县规定山区宅基地每户不超过1.5分地，村民确权1.2分地，符合政策。

2. 历史遗留问题处理后的合法超占
   若因历史原因（如过去管理不严格）导致实际占用面积超过政策标准，但地方政策允许“标注超出部分，房屋存在期间继续使用，翻建重建时按标准执行”，且确权时已按政策处理（如标注超占面积），则确权面积合法。
   例子：村民老宅实际占用4分地，政策允许标注超占1分地并继续使用，确权3分地合法。

二、可能不合法情形：登记错误、规划调整未补偿或违法超占

1. 登记错误导致面积减少
   若因数据录入错误、测量疏忽等导致宅基地证面积小于实际面积，且无合法依据，则确权不合法。
   解决措施：向不动产登记机构申请更正登记，提供土地权属来源证明（如建房申请、土地来源证明）、实际测量报告等材料。

2. 规划调整未补偿导致面积减少
   若因农村发展规划调整（如道路扩建、公共设施建设）需占用部分宅基地，但未依法补偿或调整面积，则确权少于三分地可能不合法。
   解决措施：与相关部门协商补偿方案，或通过法律途径（如行政复议、行政诉讼）主张权益。

3. 违法超占未处理导致确权减少
   若实际占用面积超过政策标准，且未依法处理（如未缴纳超占费用、未补办手续），则确权时可能按标准面积登记，超出部分不合法。
   解决措施：符合分户条件的，可办理分户手续并申请适当放宽面积；不符合的，需按标准执行或拆除超占部分。

三、关键建议：明确原因并采取针对性措施

1. 核实确权依据：要求相关部门出示确权文件（如测量报告、公示记录），确认是否符合政策或历史遗留问题处理规定。
   
2. 申请重新测量：若怀疑测量误差，可委托专业机构（如测绘公司）重新测量，并向自然资源部门申请更正。
   
3. 补办手续：若因手续不全导致面积未被认可，积极补办建房申请、土地来源证明等材料。
   
4. 法律途径：若协商无果，可咨询律师，通过行政复议或行政诉讼主张权益。

四、注意事项

1. 遵守法律法规：处理宅基地面积问题时，不得采取违法手段（如伪造材料、强行占用）。
   
2. 保持沟通：与村委会、自然资源部门等保持良好沟通，有助于问题解决。
   
3. 确保合法合规：若实际面积大于宅基地证面积，且超出部分属于违法建筑或不符合土地利用规划，可能无法得到法律认可。

总结：农村宅基地确权少于三分地是否合法，需结合当地政策、历史遗留问题处理规定、测量误差等因素判断。若存在疑问，建议核实确权依据、申请重新测量或补办手续，必要时通过法律途径维护权益。如有具体问题，可直接向我咨询。