中标合同确定补充协议是否有效，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、补充协议有效的情形
行为人具有相应的民事行为能力：签订补充协议的双方需具备能独立实施民事法律行为的能力。例如，双方均为具有完全民事行为能力的自然人或法人，能够对自己的行为负责。
意思表示真实：双方签订补充协议是基于真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形。如果补充协议是双方在平等、自愿的基础上，经过充分协商后达成的，那么该补充协议通常是有效的。
不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议内容不能与法律法规的强制性规定冲突，不能损害社会公共利益和他人合法权益。例如，补充协议的内容不能违反《中华人民共和国招标投标法》中关于不得背离中标合同实质性内容的规定，除非该变更不属于实质性变更。
补充协议的内容与原合同具有关联性：它是对原合同未尽事宜或变更事项的补充约定，与原合同共同构成完整的合同关系。例如，原合同中未明确约定的某些细节，双方可以通过补充协议进行明确。
形式符合要求：如果法律、行政法规规定或当事人约定采用书面形式，补充协议应采用书面形式，并由双方签字或盖章。书面形式有助于明确双方的权利义务，减少纠纷的发生。
二、补充协议无效的情形
背离中标合同实质性内容：根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例的规定，招标人和中标人不得再行订立背离中标合同实质性内容的其他协议。如果补充协议对合同价款、履行期限、合同性质等内容进行变更，且这些变更属于实质性变更，那么该补充协议应属无效。例如，在案例中，重庆某餐饮公司先以低报价中标，后又与中学签订补充协议增加劳务费，导致总金额远超招标文件所涉最高限价，该补充协议被法院判决无效。
存在欺诈、胁迫等情形：如果补充协议是在一方欺诈、胁迫另一方的情况下签订的，那么该补充协议可能无效。因为这种情况下，受欺诈或胁迫方并没有真正表达自己的意愿。
违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗：如果补充协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者违背了公序良俗，那么该补充协议也是无效的。例如，补充协议中约定了非法的内容或行为。
三、法律建议
在签订补充协议前，务必仔细审查原合同及招标文件：确保补充协议的内容不违反原合同及招标文件的实质性条款，避免因此导致补充协议无效。
确保补充协议的内容合法、合规：不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。同时，要确保双方的意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。
采用书面形式签订补充协议：并由双方签字或盖章，以明确双方的权利义务，减少纠纷的发生。
在签订补充协议后，务必按照协议约定履行各自义务：如果一方不履行义务，另一方可以依法追究其违约责任。
如果您在签订或履行中标合同补充协议过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。