结论是：承包土地被别人占用二十多年后，其使用权是否还归原承包者，需视具体情况而定，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、从法律规定的角度
根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，承包期内，发包方不得收回承包地。承包地被依法征收、征用的，承包方有权依法获得相应的补偿。同时，该法也规定了承包方应当维持土地的农业用途，不得用于非农建设，并依法保护和合理利用土地，不得给土地造成永久性损害。若占用行为未经原承包者同意，且未通过合法程序（如转让、互换等）变更承包关系，则原承包者的使用权在法律上并未丧失。然而，若占用行为持续了很长时间，且存在一些特殊情况（如原承包者长期未主张权利、土地实际使用状况发生重大变化等），则可能需要通过法律程序来确认土地的使用权归属。
二、从实际占用的角度
若占用者通过合法方式取得使用权：
- 如果占用者在占用期间，通过与原承包者协商并达成一致，或者通过法律程序（如继承、转让等）取得了土地的使用权，那么土地的使用权将归占用者所有。
若占用者未通过合法方式取得使用权：
- 如果占用者未经原承包者同意，擅自占用了土地，并且长期未归还，这种行为可能构成侵权。原承包者有权要求占用者归还土地，并可以寻求法律途径来维护自己的权益。但需要注意的是，如果原承包者长期未主张权利，可能会导致诉讼时效的丧失，从而影响其维权效果。
三、从诉讼时效的角度
- 一般诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果原承包者在知道或应当知道自己的权利被侵害之日起三年内未提起诉讼，可能会丧失胜诉权。但需要注意的是，诉讼时效的起算点可能因具体情况而有所不同，如从权利人知道或应当知道权利被侵害时起算，或者从权利被侵害之日起超过一定年限（如二十年）的，人民法院不予保护（有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长）。
- 特殊情况下的诉讼时效：在某些特殊情况下，如占用者明确表示不承认原承包者的权利、占用行为持续存在且原承包者一直未放弃主张等，诉讼时效可能会中断或重新计算。
法律建议
- 收集证据：原承包者应尽快收集相关证据，如土地承包合同、土地使用证、占用行为的证据等，以证明自己对土地的使用权。
- 协商解决：在证据充分的情况下，原承包者可以尝试与占用者进行协商，寻求和解或达成新的使用协议。
- 法律途径：如果协商无果，原承包者可以向人民法院提起诉讼，要求确认土地的使用权归属，并要求占用者归还土地或赔偿损失。
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