三方协议只签了一份，其有效性及后续处理需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、协议有效性
内容明确且各方认可：
- 如果三方协议的内容明确，且各方均认可只签一份的形式，同时该协议符合《民法典》关于合同成立和生效的要件（如具备当事人的真实意思表示、不违反法律法规的强制性规定等），那么这样的一份协议是有效的。
内容模糊或权利义务不明确：
- 如果协议内容存在模糊不清，或者可能导致各方权利义务不明确等情况，仅签一份可能会引发争议。在司法实践中，这样的协议可能会被认定为无效或需要进一步补充协议。
二、后续处理建议
与各方沟通确认：
- 首先，建议与协议的其他两方进行沟通，确认他们是否认可只签一份的形式，并明确各自的权利和义务。如果各方均无异议，且协议内容合法有效，那么可以维持现状。
考虑补充协议：
- 如果协议内容存在模糊或可能引发争议的地方，建议考虑签订补充协议，以明确各方的权利和义务，避免未来可能出现的纠纷。
了解学校规定：
- 对于毕业生而言，还需要了解学校对于三方协议的管理规定。不同学校可能对三方协议的重新签订次数设置一定的限制或条件。如果学校有相关规定，需要按照学校的要求进行操作。
谨慎行事，确保手续合法有效：
- 在签订和解除三方协议时，应谨慎行事，确保所有手续合法有效。例如，如果需要解除原协议并重新签订新协议，应确保获得原签约单位的解约函，并按照学校的要求提交相关材料进行审核批准。
三、法律后果
- 协议有效：如果协议符合法律要件且各方认可，那么协议将具有法律效力，各方应按照协议约定履行各自的权利和义务。
- 协议无效或需要补充：如果协议内容存在模糊或可能引发争议的地方，且未签订补充协议进行明确，那么在未来可能出现的纠纷中，协议可能会被认定为无效或需要进一步补充协议。这可能导致各方需要重新协商或通过法律途径解决纠纷，增加不必要的麻烦和损失。
综上所述，三方协议只签了一份的有效性及后续处理需根据具体情况来判断。建议与各方沟通确认协议内容，考虑签订补充协议以明确权利义务，并了解学校的相关规定。在签订和解除协议时，应谨慎行事，确保所有手续合法有效。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。