关于历史遗留问题中宅基地批准2000平方米是否合法的问题，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、宅基地面积的法定标准
根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，宅基地的面积标准因地区而异，通常由省、自治区、直辖市根据本地实际情况制定。一般来说，宅基地的面积会受到严格限制，以确保土地资源的合理利用和公平分配。如果2000平方米的宅基地批准面积明显超过了当地规定的标准，那么该批准行为很可能存在合法性问题。
二、历史遗留问题的特殊性
对于历史遗留问题，即过去因各种原因（如政策不明确、管理不规范等）导致的宅基地面积超标或批准程序不规范的情况，法律上通常会给予一定的宽容和处理空间。但这并不意味着所有历史遗留问题都可以无视法律规定。在处理历史遗留问题时，仍需遵循现行法律法规的原则和精神，结合实际情况进行妥善处理。
三、批准程序的合法性
除了面积标准外，宅基地的批准程序也是判断其合法性的重要因素。如果2000平方米的宅基地批准程序存在瑕疵，如未经合法审批、未履行公示程序等，那么该批准行为同样可能面临合法性挑战。
四、具体建议
查阅当地规定：首先，建议您查阅当地关于宅基地面积的具体规定，了解2000平方米是否超过了当地的标准。
审查批准程序：其次，审查宅基地的批准程序是否合法，包括是否经过了合法的审批流程、是否履行了公示程序等。
咨询专业意见：如果您对宅基地的合法性存在疑问，建议咨询当地土地管理部门或专业律师的意见，以便更准确地判断其合法性。
考虑后续处理：如果宅基地确实存在合法性问题，您需要考虑后续的处理方式，如是否需要调整面积、是否需要重新办理审批手续等。
如果您在宅基地问题上遇到任何法律困惑或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。