针对您提出的“有电子烟证卖卷烟超5万被抓怎么处罚”的问题，这涉及到非法经营烟草专卖品的法律责任。根据最高人民法院和最高人民检察院联合发布的《关于办理非法生产、销售烟草专卖品等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，以下是对此问题的详细解答：
首先，需要明确的是，即使您持有电子烟的相关证件，但这并不等同于您拥有销售卷烟的合法资质。卷烟作为烟草专卖品，其销售必须严格遵守国家烟草专卖管理法律法规，并取得相应的烟草专卖零售许可证等许可证明。
若您未经烟草专卖行政主管部门许可，无烟草专卖零售许可证等许可证明而非法经营卷烟，且销售金额超过五万元，根据该解释的第一条，您的行为将依照刑法第二百二十五条的规定，以非法经营罪定罪处罚。非法经营罪是指违反国家规定，未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或其他限制买卖的物品，扰乱市场秩序，情节严重的行为。
进一步地，根据该解释的第三条，非法经营烟草专卖品，具有下列情形之一的，应当认定为刑法第二百二十五条规定的“情节严重”：
而若您的非法经营数额达到二十五万元以上，或者违法所得数额在十万元以上，则将被认定为“情节特别严重”，面临的处罚也将更为严厉。
因此，针对您的情况，若销售卷烟金额超过五万元，且未取得合法销售资质，您将可能面临非法经营罪的指控，并受到相应的刑事处罚。处罚的具体程度将取决于您的非法经营数额、违法所得数额以及其他相关情节。
最后，我建议您务必遵守国家法律法规，不要从事任何非法经营活动。若您有意从事卷烟销售业务，应依法申请并取得相应的烟草专卖零售许可证等许可证明，以确保您的经营活动合法合规。