合同补充协议换了主体，一般需要重新缴纳印花税。以下从不同角度为您详细分析：
印花税的基本原理
印花税是对在经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证的行为征收的一种税。其本质是一种行为税，由做出“书立应税凭证”行为的当事人缴纳。在合同签订时，无论合同最终是否兑现或能否按期兑现，都需按照规定贴花并履行完税手续。
合同主体变更与印花税的关系
视为原合同作废并重签新合同：
- 当合同主体发生变更时，这通常被视为原合同作废并重新签订新合同的行为。因为合同关系实质上已经发生了变更，新签的合同需按照相应规定重新缴纳印花税。
- 例如，原合同发包方为A公司，承包方为C公司，后因业务需要，发包方变更为B公司，承包方仍为C公司。此时，补充协议被视为一份新合同，需要重新缴纳印花税。
合同主体变更的印花税规定：
- 合同主体的变更，在印花税法律框架内，被视为一种合同权利义务的转让。这种转让不仅涉及合同内容的调整，更关键的是合同关系中的主体发生了改变。
- 无论是哪一方发生变更，都意味着合同权利义务的重新分配和转移。因此，按照印花税的相关规定，合同主体变更后需要重新签订并缴纳印花税。
不同观点下的印花税缴纳
补充协议只是对原合同的局部修订：
- 有观点认为，补充协议只是对原合同的局部修订，并未对原合同进行本质上的修改，因此补充协议不是一份独立的合同。由于原合同在书立时已经缴纳印花税，且补充协议未涉及合同金额变动，因此补充协议书立三方无需再缴纳印花税。
- 但此观点存在争议。因为合同主体变更可能导致补充协议与原合同失去同一性，从而产生新的印花税纳税义务。
补充协议应视作一份独立合同：
- 另一种观点认为，补充协议较原合同来说，合同主体已经变更，权利义务也全部转移，属于对原合同进行了本质上的修改，因此补充协议应当视作一份独立合同。由补充协议主体于补充协议书立时缴纳印花税。原合同书立时已经缴纳的印花税不予退回。
- 此观点更为普遍接受。因为合同主体变更确实导致了合同关系的实质性变化，需要重新缴纳印花税。
由合同执行者缴纳印花税：
- 有观点认为，无论补充协议的性质如何认定，应当由最终实际执行合同的双方缴纳印花税。
- 但此观点既不合理也不可行。首先，印花税是对书立应税凭证的行为征收的税，本就应当由做出该行为的当事人缴纳。其次，在原合同签订时，并不能确定是否签订补充协议、何时签订补充协议、由谁签订补充协议，即并不能确定合同的实际执行方。因此，由合同的实际执行人缴纳印花税的观点在实务中不可行。
实务建议
尽量确定合同执行方：
- 在不影响集团管理和不违背客观条件的前提下，无论从规避纳税风险还是降低税收负担的角度考虑，均建议纳税人在签订合同之前，尽量确定合同的执行方并由合同实际执行方签订总承包合同，避免后续因签订主体变更的补充协议而产生纳税义务和纳税风险。
在主体变更协议中载明权利义务的转让方和承受方各自涉及的合同金额：
- 若根据集团内部管理需要或客观条件要求，纳税人无法避免签订主体变更协议。建议纳税人在主体变更协议中载明权利义务的转让方和承受方各自涉及的合同金额。这样，主体变更协议中权利义务的转让方和承受方可以按照约定金额各自缴纳印花税，避免两方均按照合同总额缴纳印花税，从而降低集团税收负担。
总结来看，合同补充协议换了主体，一般需要重新缴纳印花税。因为合同主体变更可能导致补充协议与原合同失去同一性，从而产生新的印花税纳税义务。在实际操作中，建议纳税人根据具体情况和税收法律规定，合理规划合同签订和履行方式，以降低税收负担和纳税风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。