针对您提出的“同医疗机构重复扫码怎么处罚”的问题，这通常涉及到药品追溯码的重复使用，进而可能违规使用医保基金的情况。以下是根据相关案例和法规，为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，药品追溯码是用于唯一标识药品各级销售包装单元的代码，其推广应用有助于确保药品的来源可追溯、流向可追踪，从而提升药品安全和医保基金的使用效率。若医疗机构或药店存在药品追溯码重复扫码的情况，这很可能意味着药品被二次销售，从而违规使用了医保基金。
对于此类违规行为，根据《医疗保障基金使用监督管理条例》以及相关的地方性医疗保障服务协议，通常会采取以下处罚措施：
约谈法定代表人：医疗保障部门会约谈涉事医疗机构或药店的法定代表人，对其进行警示教育，并要求其立即停止违规行为。
追回违规报销的医保基金：对于已经通过重复扫码违规报销的医保基金，医疗保障部门会要求涉事机构全额追回。
处以罚款：除了追回违规报销的医保基金外，医疗保障部门还会对涉事机构处以罚款。罚款的金额通常是违规报销金额的数倍，具体倍数根据地方性法规和服务协议而定。例如，在某些案例中，罚款金额为违规报销金额的两倍。
责令自查整改并上报结果：医疗保障部门会责令涉事机构对违规行为进行自查整改，并要求其上报整改结果。这是为了确保涉事机构能够真正认识到问题的严重性，并采取有效措施进行整改。
以徽县医疗保障局曝光的典型案例为例，徽县康之林药品零售有限公司、徽县惠生堂医药有限公司以及徽县同康源医药有限责任公司均存在药品追溯码重复扫码的问题，分别违规使用了医保基金99元、68元和26元。对于这些违规行为，徽县医疗保障局均采取了约谈法定代表人、追回违规报销的医保基金、处以罚款以及责令自查整改并上报结果的处罚措施。
综上所述，同医疗机构重复扫码违规使用医保基金的行为将受到严厉的处罚。因此，建议各医疗机构和药店严格遵守相关规定，确保药品追溯码的唯一性和准确性，共同维护医保基金的安全和有效使用。