当员工因自身行为（无论是故意、重大过失还是一般过失）给公司造成损失时，赔偿问题的处理需要遵循一定的法律原则和程序。以下是对这一问题的详细解答：
一、赔偿责任认定
首先，要明确员工是否存在故意或重大过失。根据《工资支付暂行规定》第十六条，若员工因自身原因（如失职、违规操作）导致公司经济损失，公司有权要求其承担赔偿责任。但需注意，赔偿通常仅限于与工作相关的实际损失，即“直接损失”，如设备损坏的维修费用等。而“间接损失”，如业务中断导致的预期收益减少，通常不在赔偿范围内。
二、赔偿范围界定
- 仅限实际损失：赔偿应严格限定在员工行为直接导致的、可量化的经济损失范围内。
- 排除不可抗力：若损失由不可抗力（如自然灾害）等不可预见因素造成，员工无需承担赔偿责任。
- 不承担经营风险：员工无需承担因企业经营策略、市场环境变化等导致的风险类损失。
三、合法合规的赔偿程序
- 证据固定：公司应通过监控录像、工作记录、第三方鉴定报告等证据链，证明损失与员工行为的因果关系及具体金额。
- 协商机制：优先通过书面协议明确赔偿方式，如分期扣款或一次性支付，并保留协商记录作为后续执行依据。
- 制度保障：在劳动合同或规章制度中预先约定赔偿条款，但需确保内容合法、合理，且制定过程经过民主公示程序。
四、赔偿方式与执行要点
- 扣减工资规范：若从员工工资中扣除赔偿，每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 分期付款方案：对于较大金额的赔偿，建议制定分期付款计划，既减轻员工压力，又保障企业权益。可附加逾期违约金条款，但违约金率不得超过法律规定的上限（如LPR四倍）。
- 司法救济途径：若协商不成，公司可申请劳动仲裁，但需注意仲裁时效为一年。法院在审理时会审查企业管理制度的合法性，并支持合理范围内的赔偿请求。
五、特殊情况处理
- 一般过失：若员工仅为一般过失导致公司损失，赔偿责任可能较小甚至无需赔偿，具体需根据公司的规章制度及劳动合同约定来处理。
- 窜货等特殊情形：若员工因工作失误导致公司产品窜货等特殊情形，赔偿需结合具体情形、劳动合同及公司规章制度来确定，且应遵循公平合理原则。
六、风险防范措施
为预防类似事件再次发生，公司可采取以下措施：
- 完善管理制度：建立分级授权体系、双人复核制度等内控机制，降低人为失误概率。
- 投保雇主责任险：转移员工过失导致的财产损失风险。
- 数字化监管手段：部署ERP系统实现业务流程留痕，运用区块链技术存证关键数据，提升追责效率。
综上所述，员工造成公司损失时的赔偿问题需综合考虑多方面因素，并遵循法律原则和程序进行处理。公司应确保赔偿要求的合法性和合理性，同时采取有效措施预防类似事件的发生。