结论：是否需要签订补充协议，需结合合同条款的具体约定、扣款原因及双方协商情况综合判断，以下分情况说明：

1. 合同已有明确扣款条款时
   若原合同中已约定“特定情形下可扣款”（如质量不达标、逾期交货等），且扣款标准、计算方式清晰，则无需签订补充协议。此时，扣款方需按合同约定履行通知义务（如书面告知扣款金额及依据），并保留相关证据（如验收报告、沟通记录等），避免因程序瑕疵引发纠纷。

2. 合同未约定或约定模糊时
   若原合同未涉及扣款事项，或扣款条件、比例等关键内容不明确，则建议签订补充协议。补充协议需明确：

   • 扣款的具体情形（如哪些行为或结果触发扣款）；
     
   • 扣款标准（如按合同总价的比例、实际损失金额等）；
     
   • 扣款程序（如通知方式、异议期、复核机制等）；
     
   • 争议解决方式（如协商、仲裁或诉讼）。
     签订补充协议可避免双方对扣款产生分歧，降低法律风险。

3. 双方协商一致变更扣款规则时
   即使原合同有约定，若双方同意调整扣款条件（如降低比例、增加免责情形等），也需通过补充协议固定变更内容。根据《民法典》第五百四十三条，当事人协商一致可变更合同，未以书面形式固定的变更可能因举证困难导致不被法院认可。

实务建议：

• 扣款前务必核对合同条款，确保行为有据；
  
• 补充协议需由双方签字盖章，避免口头约定；
  
• 扣款后及时与对方确认金额，保留送达证据（如EMS邮寄凭证、电子邮件截图等）。
  

如有具体合同条款或扣款场景需要分析，可进一步提供细节，我会为您详细解答。