流贷存保证金是否合法，需结合具体情况与法律规定综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法情形
符合合同约定与法律规定：
- 若银行与借款人在贷款合同中明确约定了保证金条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种流贷存保证金的行为是合法的。
- 例如，在某些贸易融资贷款中，银行可能要求借款人存入一定比例的保证金作为风险缓释措施，这是银行业务中的常见做法，只要合同条款合法合规，即受法律保护。
保证金用于特定目的且未损害借款人权益：
- 如果保证金是用于担保贷款的偿还，且在贷款到期或借款人违约时，银行有权按照合同约定处置保证金，这种安排是合法的。
- 关键在于保证金的使用是否透明、合理，且未损害借款人的合法权益。如保证金被非法挪用或用于非合同约定的目的，则可能构成违法。
二、违法情形
未经借款人同意擅自扣划保证金：
- 如果银行在未与借款人协商一致的情况下，擅自扣划保证金用于偿还其他债务或进行其他处置，这种行为可能构成违法。
- 因为这侵犯了借款人的财产权，违反了合同约定和法律规定。
保证金条款显失公平或违反强制性规定：
- 如果贷款合同中的保证金条款显失公平，如保证金比例过高、使用条件过于苛刻等，可能因违反《民法典》中关于公平原则的规定而被认定为无效。
- 此外，如果保证金条款违反了法律、行政法规的强制性规定，如涉及非法集资、洗钱等违法行为，那么这种条款也是无效的。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在签订贷款合同时，借款人应仔细审查保证金条款，确保其合法合规、公平合理。
- 如对条款有疑问或不满，应及时与银行沟通协商，必要时可寻求法律帮助。
保留相关证据：
- 借款人应妥善保管与贷款相关的所有证据，包括合同、转账记录、沟通记录等。
- 这些证据在发生纠纷时可能成为维护自身权益的关键。
及时维权：
- 如发现银行存在违法扣划保证金、违反合同约定等行为，借款人应及时向银行提出异议，并可通过法律途径维护自身权益。
- 可向当地银保监会投诉或向法院提起诉讼，要求银行承担相应的法律责任。
流贷存保证金是否合法取决于合同条款的合法性、合理性以及银行的行为是否符合法律规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。