结论：分开起诉但合并审理的案件中，债务能否抵消需根据债务性质、法律关系及审理程序综合判断，存在抵消可能但需满足法定条件。以下是具体分析：

1. 债务抵消的法定条件

根据《民法典》第568条，债务抵消需满足：

• 双方互负债务：即原告对被告的债权与被告对原告的债权同时存在；
• 债务种类、品质相同：如均为金钱债务，或同类物债务；
• 债务均到期：抵消时双方的债务需已届清偿期；
• 非法定或约定禁止抵消：如因故意侵权产生的债务、约定不得抵消的债务等。

合并审理的案件中，若双方债务符合上述条件，法院可能支持抵消主张。例如：A起诉B要求还款10万元，B同时起诉A要求还款8万元，若两笔债务均为到期金钱债务且无禁止情形，法院可合并审理并裁定抵消。

2. 合并审理对债务抵消的影响

合并审理的目的是提高效率、避免矛盾判决，但不改变债务抵消的实体条件。需注意：

• 程序独立性：即使合并审理，两案仍可能处于不同诉讼阶段（如一审与二审），此时抵消需以生效判决为依据；
• 证据审查：法院需对双方债务的真实性、合法性进行审查，若一方债务被认定不成立（如超过诉讼时效），则无法抵消；
• 主动主张要求：债务人需在诉讼中明确提出抵消主张，并提供证据，否则法院不会主动适用。

3. 实务中的操作建议

• 提前主张抵消：在答辩或反诉阶段明确提出抵消请求，避免因程序拖延导致利益损失；
• 区分债务性质：若债务涉及不同法律关系（如合同之债与侵权之债），需分别论证抵消的合法性；
• 关注诉讼时效：确保主张抵消的债务未超过诉讼时效，否则可能被驳回。

示例：若甲因买卖合同欠乙货款10万元，乙因借款合同欠甲8万元，甲可在乙起诉其还款的案件中，以反诉或答辩形式主张抵消，法院合并审理后可能裁定甲仅需支付2万元。

如有具体案件细节，可进一步向我说明，我会结合案情提供更精准的分析。