结论：您从他人工程款中扣除借款的行为可能涉及违法，若被纪委调查，需积极配合并说明情况，同时建议通过合法途径解决债务纠纷。

分析：

1. 法律角度：

   • 债务清偿的合法性：虽然您与借款人之间存在债务关系，但直接从其工程款中扣除借款的行为可能违反了合同法和相关财务规定。工程款通常涉及多方利益，包括发包方、承包方以及可能的分包方和工人工资等。未经合法程序或协议，单方面扣除工程款可能构成违约或侵权。
   • 纪委调查的应对：若纪委介入调查，您应积极配合，如实说明情况，包括借款事实、扣除工程款的原因和过程等。同时，应提供相关证据，如借条、转账记录等，以证明您的行为并非恶意或非法。

2. 实际操作建议：

   • 与借款人协商：在采取任何行动之前，建议先与借款人进行协商，尝试通过友好方式解决债务纠纷。可以签订还款协议，明确还款期限和方式，以避免不必要的法律纠纷。
   • 通过法律途径解决：如果协商无果，您可以考虑通过法律途径解决债务纠纷。例如，向法院提起诉讼，要求借款人偿还借款及利息。在诉讼过程中，法院将依法判决，并可以通过强制执行等手段保障您的权益。
   • 避免自行扣款：为了避免类似情况再次发生，建议您在未来的债务纠纷中避免自行扣款。而是应该通过合法途径，如法院判决或执行程序，来保障自己的权益。

3. 可能面临的法律后果：

   • 民事责任：如果您的行为被认定为违法或侵权，您可能需要承担民事责任，如赔偿损失、恢复原状等。
   • 行政责任：在某些情况下，您的行为可能还涉及行政责任，如受到相关部门的处罚或警告。
   • 刑事责任：虽然您的行为不太可能构成刑事犯罪，但如果涉及恶意拖欠、诈骗等严重情节，则可能面临刑事责任。

建议：

• 在处理债务纠纷时，务必遵守法律法规，通过合法途径解决问题。
• 如果您已经采取了自行扣款的行为，并且面临纪委调查，建议尽快咨询专业律师，了解您的法律权利和义务，以及可能面临的法律后果。
• 在未来的债务纠纷中，建议签订书面合同或协议，明确双方的权利和义务，以避免不必要的法律纠纷。

如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。