结论：违法《医疗器械监督管理条例》的行为，应当依据该条例本身进行处理，而非《医疗器械监督管理办法》。

一、法规性质与适用范围

《医疗器械监督管理条例》是国务院制定的行政法规，具有较高的法律效力，它全面规范了医疗器械的生产、经营、使用等各个环节，旨在确保医疗器械的安全性和有效性，保障公众健康。而《医疗器械监督管理办法》通常指的是由相关部门制定的具体管理办法或实施细则，其法律效力层级低于行政法规，且往往针对条例中的某些具体条款或环节进行细化。

法律建议：在处理违法《医疗器械监督管理条例》的行为时，应当直接依据该条例的规定进行处罚，而不是依据层级较低、内容可能更为具体的《医疗器械监督管理办法》。

二、处罚规定的具体性

《医疗器械监督管理条例》中对于违法行为的处罚规定详尽且严格，涵盖了无证生产经营、经营无合格证明文件等产品、生产经营不符合标准产品、未按规定建立并执行质量管理体系、提供虚假资料与广告违法等多个方面。这些规定直接针对医疗器械生产经营使用的各个环节和各个方面，为监管部门提供了明确的处罚依据。

举例说明：若某企业未经许可从事第三类医疗器械经营活动，根据《医疗器械监督管理条例》，监管部门将没收其违法所得及相关物品，并处以货值金额15倍至30倍的罚款。这一处罚直接依据条例规定，而非其他管理办法。

三、法律后果的严重性

违反《医疗器械监督管理条例》的行为，不仅可能面临严厉的罚款，还可能被责令停产停业、吊销相关许可证件，甚至对单位法定代表人等责任人员处以个人罚款及职业禁入措施。这些法律后果的严重性，进一步强调了依据条例本身进行处理的重要性。

风险提示：企业和个人应严格遵守《医疗器械监督管理条例》的相关规定，避免因违法行为而面临严重的法律后果。

四、实际操作中的注意事项

在实际操作中，监管部门在发现违法行为后，会首先确认违法行为的性质和情节，然后依据《医疗器械监督管理条例》的相关规定进行处罚。若管理办法中的规定与条例存在冲突或不一致，应以条例为准。

行动建议：若您或您的企业涉及医疗器械相关的经营活动，建议详细了解并严格遵守《医疗器械监督管理条例》的相关规定。如有任何疑问或需要法律帮助，可以直接向我咨询。