关于“不让办摩托车牌照是否违法”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要依据具体的法律法规和地方政策来判断。

首先，我们要明确的是，办理摩托车牌照是车主的合法权利，只要车辆符合相关标准，且车主提供了必要的文件和资料，相关部门就应当依法为其办理牌照。然而，在实际操作中，可能会存在一些特殊情况或地方政策，导致某些地区或特定时间段内无法办理摩托车牌照。

从法律法规的角度来看：

1. 国家层面：我国并没有普遍禁止办理摩托车牌照的法律法规。相反，相关法律法规如《道路交通安全法》等，都明确规定了机动车（包括摩托车）应当依法登记并取得行驶证和号牌后，方可上道路行驶。

2. 地方层面：虽然国家没有普遍禁止，但地方政府可能会根据当地的交通状况、环保要求等因素，制定一些限制性的政策或规定。例如，某些城市可能会因为交通拥堵、空气污染等问题，而限制或禁止摩托车在特定区域或时间段内上路行驶，甚至可能限制摩托车牌照的发放。但这种限制应当是基于合理的公共利益考虑，并且应当通过合法的程序来制定和实施。

从实际案例的角度来看：

以您提供的“方某等诉某市公安局交警支队不履行颁发摩托车牌照法定职责系列案”为例，该案中某市公安局交警支队为控制城区内摩托车总量，限制三环内居民申请摩托车登记，导致居民无法直接办理牌照。法院最终认为，这种限制缺乏法律依据，并判决行政机关应当依法履行颁发摩托车牌照的职责。这个案例说明，行政机关在限制或拒绝办理摩托车牌照时，必须有明确的法律依据，否则就可能构成违法。

结论与建议：

1. 如果当地没有明确的法律法规或政策禁止办理摩托车牌照，而相关部门却拒绝办理，那么这种行为可能是违法的。车主可以通过法律途径来维护自己的合法权益。

2. 如果当地有明确的法律法规或政策限制办理摩托车牌照，那么车主需要了解并遵守这些规定。如果认为这些规定不合理或侵犯了自己的合法权益，可以通过合法的程序来提出异议或申请复议。

3. 建议车主在办理摩托车牌照前，先了解当地的相关法律法规和政策要求，确保自己的车辆符合标准，并准备好必要的文件和资料。如果遇到办理困难或拒绝办理的情况，可以及时咨询法律专业人士或相关部门来寻求帮助。