结论前置：被告申请反担保时，原告需根据反担保的合法性、有效性及执行可行性综合应对，核心策略包括审查反担保合法性、评估执行风险、提出异议或追加担保，必要时通过诉讼推进执行程序。以下是具体分析：

1. 审查反担保的合法性与有效性

被告申请反担保时，原告需第一时间审查其合法性。根据《民事诉讼法》第104条，反担保需满足以下条件：

• 担保方式合法：反担保可为财产担保（如房产、存款）或第三方保证，但需符合《民法典》关于担保物权的规定（如抵押需办理登记）；
  
• 价值相当：反担保财产价值应与被冻结的1000万元相当，若明显不足（如仅提供价值500万元的房产），原告可主张反担保不充分；
  
• 无权利瑕疵：反担保财产需无其他抵押、查封等权利限制，否则可能影响执行。
  

行动建议：原告应要求被告提供反担保财产的权属证明、评估报告及登记文件，必要时委托律师调查财产真实性。

2. 评估反担保对执行程序的影响

若反担保合法有效，法院可能解除对被告1000万元财产的冻结，转而查封反担保财产。此时原告需关注：

• 执行效率：反担保财产若为不动产或特殊动产（如车辆），执行周期可能长于现金冻结；
  
• 变现风险：若反担保财产为股权、知识产权等非现金资产，变现难度大，原告可主张继续冻结原财产；
  
• 被告转移财产风险：反担保后，被告可能通过虚假交易转移剩余财产，原告可申请法院对被告其他财产采取保全措施。
  

行动建议：原告可向法院提交《继续保全申请书》，说明反担保财产的变现风险，要求维持原冻结措施。

3. 对反担保提出异议的路径

若原告认为反担保不合法或不足值，可通过以下方式主张权利：

• 向法院提出书面异议：根据《民事诉讼法》第232条，原告可在收到反担保通知后5日内向法院提交《执行异议申请书》，要求驳回反担保申请；
  
• 申请追加担保：若反担保价值不足，原告可要求被告追加担保（如补充现金或等值财产）；
  
• 起诉确认反担保无效：若反担保存在恶意串通、虚假评估等情形，原告可另行提起确认合同无效之诉。
  

案例参考：某案中，被告以市值800万元的房产反担保1000万元债务，法院认定反担保不足值，维持原冻结措施。

4. 推进执行程序的核心策略

无论反担保是否成立，原告均应积极推进执行程序：

• 申请强制执行：若被告未履行判决，原告应在判决生效后2年内申请强制执行；
  
• 参与财产分配：若被告财产不足清偿全部债务，原告可申请参与分配程序，按比例受偿；
  
• 追究拒执罪：若被告隐藏、转移财产，原告可向公安机关报案，追究其拒不执行判决罪刑事责任。
  

风险提示：反担保期间，原告需密切关注被告财产变动，避免因懈怠导致执行困难。

总结：被告申请反担保时，原告应通过审查合法性、评估执行风险、提出异议及推进执行程序四步应对，核心目标为保障债权最终实现。如有具体案件细节（如反担保财产类型、被告财产状况），可进一步提供材料，我将为您定制应对方案。