还款时，一般优先偿还主债务，而非违约金。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律规定角度
根据《中华人民共和国民法典》第五百六十一条的规定，债务人在履行主债务外还应当支付利息和实现债权的有关费用，其给付不足以清偿全部债务的，除当事人另有约定外，应当按照下列顺序履行：
虽然该条款并未直接提及违约金，但违约金与利息在性质上有所不同，违约金主要是为了弥补因违约行为给对方造成的损失，并带有一定的惩罚性。在法律没有特别规定违约金优先受偿的情况下，应参照上述清偿顺序，即先偿还实现债权的有关费用、利息，最后才是主债务。而违约金，通常会在主债务得到清偿后，再根据实际违约情况进行计算和处理，不享有优先受偿的地位。
二、合同约定角度
如果合同中有明确的约定，比如双方约定了还款时优先偿还违约金，那么在这种情况下，应当遵循合同约定。但需要注意的是，这种约定不能违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。如果合同中没有这样的约定，那么就应当按照法律规定的一般清偿顺序来处理。
三、实际案例分析
假设甲向乙借款100万元（主债务），双方约定借款期限为1年，年利率为5%，同时约定若甲逾期还款，需按未还款金额的每日万分之五支付违约金。借款到期后，甲仅还款80万元。在这种情况下，根据法律规定和合同约定（如果没有特别约定违约金优先受偿），这80万元应先扣除实现债权的有关费用（如有），再扣除利息，剩余部分用于偿还主债务本金。违约金则通常在主债务本金和利息按顺序清偿之后，再根据实际违约情况进行计算和处理。
四、法律建议
审查合同条款：在签订借款合同时，务必仔细审查合同条款，特别是关于还款顺序和违约金计算的条款。如果有任何疑问或不明确的地方，应及时向专业律师咨询。
保留证据：在还款过程中，务必保留好所有相关的还款凭证和沟通记录，以备不时之需。
及时沟通：如果发现自己可能无法按时还款，应及时与债权人沟通，寻求解决方案，避免产生不必要的违约金和法律纠纷。
如果您在债务债权方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。