越过待转停止线后亮红灯停下来，是否会被处罚需根据具体情况判断，以下是对不同情况的详细分析：
刚越过停止线即停下：
- 若车辆在红灯亮起时仅刚刚越过停止线，但立即停住并未继续行驶，通常不会被认定为闯红灯。因为闯红灯的认定需要车辆在红灯亮起时前轮尚未越过停止线，并且继续行驶通过路口，形成完整的三张闯红灯证据照片（驶过停止线、行驶到路口中间、到达对面路口）。在此情况下，由于车辆及时停车，电子眼无法拍摄到完整的证据照片，因此一般不会受到罚款或扣分的处罚。不过，这种行为可能被判定为越线停车，即车身全过停车线但未过对面线，根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》的相关规定，可能会被扣两分，并面临罚款。
车身大部分已过停止线且停在路口中间：
- 如果车辆在红灯亮起后，车身大部分已经越过停止线并停在路口中间，这种行为更明确地会被认定为“越线停车”。不同地区对越线停车的处罚规定可能有所不同，但部分地方会对此类行为进行罚款（通常在100-200元之间），并扣除2分。驾驶人应了解当地的具体交通管理规定，以避免不必要的处罚。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如因交警现场指挥与信号灯指示不一致而导致的“闯红灯”，或因避让执行紧急任务的特种车辆（如警车、消防车、救护车等）而不得不闯红灯，驾驶人可以到交警大队开具相关证明。经核实后，可能会免于处罚。但这种情况需要驾驶人主动提供证据并申请复核。
申诉与应对建议：
- 如果收到闯红灯或越线停车的处罚通知，并对该处罚有异议，当事人可以在规定时间内携带行驶证、驾驶证等相关证件到当地交通管理部门进行申诉。通过查看交通监控录像等方式来核实具体情况，有助于维护自己的合法权益。
总结与建议：
- 为避免不必要的处罚和麻烦，驾驶人在行车过程中应严格遵守交通规则，注意观察交通信号灯和路面情况，确保安全行驶。如果不小心误闯红灯或越过停止线，应立即停车并等待下一个绿灯再通行。
- 同时，了解并掌握当地的交通管理规定也是非常重要的。不同地区可能对越线停车等行为有不同的处罚标准，驾驶人应提前了解并遵守相关规定。
如果有任何关于交通事故或税务纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。