结论：交通事故受伤住院后查出别的病情，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于该病情与交通事故是否存在因果关系。以下是具体分析：

1. 病情与交通事故存在直接因果关系
   若新查出的病情是交通事故直接导致的（例如：事故中头部受伤引发后续癫痫，或骨折后长期卧床导致血栓），则保险公司应当承担赔偿责任。根据《机动车交通事故责任强制保险条例》及商业险条款，保险范围包括事故直接引发的合理医疗费用。此时需提供医疗证明（如病历、诊断书）证实病情与事故的关联性。

2. 病情与交通事故无直接因果关系
   若新病情属于自身原有疾病或独立发生的健康问题（例如：事故中腿部擦伤，住院期间查出高血压或糖尿病），则保险公司通常不予赔偿。此类费用不属于交通事故导致的直接损失，但若治疗原有疾病是因事故受伤的必要辅助手段（例如：因骨折手术需要控制血糖），可能部分费用可协商赔偿，需具体分析医疗必要性。

3. 保险条款中的特别约定
   需仔细核查保险合同中的“责任免除”条款。部分商业险可能约定“仅赔偿事故直接导致的医疗费用”，或对“关联性”设定严格标准（例如：要求48小时内发病）。若合同有此类限制，可能影响赔偿结果。

建议：

• 立即保存所有医疗记录（包括入院记录、检查报告、诊断证明），明确记录病情与事故的时间关联性；
  
• 要求医院出具《病情与事故关联性说明》，由主治医生签字确认；
  
• 若保险公司拒赔，可申请第三方医疗鉴定机构出具因果关系证明，作为维权依据。
  

如有进一步细节（如保险类型、病情具体类型），可直接向我咨询，我会结合具体证据为您分析赔偿可能性。