诊所将药品拆包后当做秘制药，这一行为是否违法，需结合具体情况进行判断，但通常可能涉及违法情形。以下从不同角度进行分析：

一、药品包装与标识的法律规定

根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，药品包装必须按照规定印有或者贴有标签并附有说明书。标签或者说明书上必须注明药品的通用名称、成份、规格、生产企业、批准文号、产品批号、生产日期、有效期、适应症或者功能主治、用法、用量、禁忌、不良反应和注意事项等信息。若诊所将药品拆包后，未按照上述规定进行标识和说明，而是直接作为秘制药使用，则可能违反了药品包装与标识的法律规定。

二、药品来源与合法性的考量

1. 若拆包的药品本身是合法购进的：

   • 诊所作为药品使用单位，应当确保所使用的药品来源合法、质量可靠。若拆包的药品是合法购进的，但未经批准擅自改变包装或标识，可能面临药品监管部门的处罚，因为这可能影响药品的追溯和监管。

2. 若拆包的药品来源不明或存在质量问题：

   • 若诊所使用的拆包药品来源不明，或者存在质量问题，如过期、变质等，则不仅可能违反药品管理法规，还可能对患者的健康造成严重危害。这种情况下，诊所的行为无疑构成违法，甚至可能涉及刑事责任。

三、特殊药品管理的规定

对于某些特殊药品，如麻醉药品、精神药品等，国家有更为严格的管理规定。若诊所擅自拆包使用这些特殊药品，且未按照相关规定进行管理和使用，则可能构成更为严重的违法行为。

四、法律后果与建议

• 法律后果：若诊所的行为被认定为违法，可能面临药品监管部门的行政处罚，包括罚款、没收违法所得、吊销药品经营许可证等。若因使用拆包药品导致患者受到损害，诊所还可能承担民事赔偿责任，甚至面临刑事责任。
• 建议：诊所应严格遵守药品管理法规，确保所使用的药品来源合法、质量可靠，并按照规定进行包装和标识。若需使用特殊药品，应严格按照相关规定进行管理和使用。

若您遇到诊所将药品拆包后当做秘制药的情况，并怀疑其违法性，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供进一步的法律分析和建议。