结论前置：公司对代理主任进行罚款是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司无明确规章制度支持罚款
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如罚款）时，需经民主程序（职工代表大会或全体职工讨论）并公示。若公司未履行上述程序，或规章制度中未明确规定“代理主任失职可罚款”，则罚款行为缺乏法律依据，属于违法。

2. 若公司规章制度合法且罚款合理
   若公司规章制度已通过民主程序制定并公示，且明确规定了代理主任的职责及失职罚款标准（如罚款金额不超过月工资20%、不违反最低工资标准等），则罚款可能合法。但需注意：

   • 罚款金额需符合《工资支付暂行规定》第十六条，即“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%”；
     
   • 罚款不得以“罚款”名义变相克扣工资，需有实际损失依据。

3. 若罚款涉及“代扣代缴”或“变相处罚”
   若公司以“代扣代缴”名义（如虚构税费、社保等）或通过降低绩效、奖金等方式变相罚款，可能涉嫌违法。例如，代理主任未完成业绩，公司直接扣减全部绩效而非按比例调整，可能被认定为未足额支付劳动报酬。

建议：

• 若您认为罚款不合法，可要求公司出具罚款依据的规章制度及民主程序证明；
  
• 若公司无法提供，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张返还罚款并赔偿损失；
  
• 日常管理中，建议公司完善规章制度，明确岗位职责及处罚标准，避免法律风险。
  

如有具体细节（如罚款金额、规章制度内容等），可进一步向我说明，我会为您详细分析。