若被传唤调查后确认无违法事实，但已进行了赔偿，可采取以下措施：
一、法律分析
传唤调查的性质：
- 传唤调查是公安机关或其他行政机关依法对涉嫌违法的人员进行询问、查证的行为。其目的在于查明事实，确保法律的正确实施。
- 若调查后确认无违法事实，则传唤调查的程序应依法终止，且不应因此对当事人产生不利后果。
赔偿的合法性：
- 赔偿通常基于当事人存在违法行为或过错，并因此给对方造成损失。若确认无违法事实，则赔偿的法律依据可能不存在。
- 若赔偿是在被误导、胁迫或不知情的情况下进行的，可能构成不当得利或可撤销的民事行为。
二、应对措施
与赔偿方协商：
- 首先，可尝试与赔偿方进行协商，说明调查后确认无违法事实的情况，请求返还已支付的赔偿款。
- 协商时，应保留相关证据，如传唤通知书、调查结论、赔偿协议等，以证明自己的主张。
申请行政复议或提起行政诉讼：
- 若协商无果，且认为行政机关的传唤调查或后续处理行为违法，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 行政复议或行政诉讼的目的是请求撤销或变更行政机关的违法决定，并可能要求返还赔偿款或赔偿因此造成的损失。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二条：“公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。”以及第十二条中关于“认为行政机关侵犯其他人身权、财产权等合法权益的”可提起诉讼的规定。
提起民事诉讼：
- 若赔偿是基于民事合同或协议进行的，且该合同或协议因无违法事实而应被撤销或认定无效，可依法提起民事诉讼。
- 民事诉讼的目的是请求法院确认合同或协议无效，并返还已支付的赔偿款。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同无效或可撤销的规定，如因重大误解、欺诈、胁迫等情形订立的合同，当事人有权请求人民法院或仲裁机构予以撤销。
三、注意事项
保留证据：
- 在整个过程中，应妥善保留所有与传唤调查、赔偿相关的证据，如书面材料、录音录像、证人证言等。
- 这些证据将在后续的协商、行政复议、行政诉讼或民事诉讼中发挥关键作用。
及时行动：
- 若认为自己的权益受到侵害，应及时采取行动，避免超过法定的诉讼时效或复议期限。
- 不同的法律程序有不同的时效要求，应提前了解并遵守。
寻求专业帮助：
- 由于法律程序复杂且专业性强，建议在此过程中寻求专业律师的帮助。
- 律师将能够提供具体的法律建议，并协助制定合适的应对策略。
建议：您可根据实际情况选择上述一种或多种措施来维护自己的合法权益。若需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问。