针对您提出的“员工发催薪函后发工资了怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，当公司收到员工的催薪函后，应立即进行内部核查，确认工资未发放的具体原因。这包括但不限于财务流程问题、资金周转困难、或是工资核算中的误差等。这一步骤至关重要，因为它能帮助公司准确理解问题所在，从而采取有效的解决措施。

在核查过程中，如果发现工资确实存在拖欠情况，公司应迅速制定解决方案。若是因为资金周转问题导致的拖欠，公司需要与员工进行坦诚的沟通，说明公司的财务状况以及预计的支付时间，并最好形成书面承诺，以增加透明度和信任度。若是因为工资核算错误，公司应立即纠正错误，并尽快支付足额的工资给员工。

紧接着，在工资问题得到解决后，公司应以正式的形式（如邮件、书面函件等）向员工进行回复。回复中应明确说明调查情况、解决方案以及工资的具体支付时间节点。这样的回复不仅体现了公司对员工诉求的重视，也有助于维护良好的劳资关系。

此外，公司还应借此机会反思内部管理流程，特别是工资核算和支付制度。通过完善这些制度，可以避免类似情况再次发生，从而提升公司的管理效率和员工满意度。

最后，如果员工在收到工资后仍有疑虑或不满，公司应保持开放的态度，愿意与员工进一步沟通，解释清楚相关情况，并寻求双方都能接受的解决方案。

综上所述，当员工发催薪函后公司及时发放了工资，公司应通过内部核查、制定解决方案、正式回复员工以及反思内部管理流程等步骤来妥善处理此事，以维护良好的劳资关系和公司形象。