公司入账借款是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
1. 借款合同与资金来源合法性
- 合同有效性：公司入账借款需基于合法有效的借款合同。根据《中华人民共和国民法典》相关规定，借款合同应明确双方权利义务，包括借款金额、利率、还款期限等。若合同内容合法且双方自愿签署，则合同本身具有法律效力。
- 资金来源合法：借款资金必须来源于合法渠道，如银行贷款、股东出资、合法民间借贷等。若资金来源于非法活动（如洗钱、诈骗等），则借款行为可能涉嫌违法。
2. 利率合法性
- 法定利率限制：根据《中华人民共和国民法典》第六百八十条，借款利率不得违反国家有关规定。若公司借款利率超过法定上限（如LPR的4倍），则超出部分可能不被法律保护，甚至涉嫌高利贷。
- 透明度要求：借款合同中应明确约定利率及费用，避免隐藏费用或模糊条款。若存在额外费用未明确告知，可能损害公司利益或涉嫌欺诈。
3. 公司内部决策程序
- 股东会/董事会决议：公司借款需符合内部决策程序，如股东会或董事会决议。若借款未经合法程序批准，可能涉及内部治理违规，甚至引发股东纠纷。
- 财务合规性：借款入账需符合公司财务管理制度，确保资金用途合法、账目清晰。若存在账外资金或虚假记账，可能涉嫌财务造假或偷逃税款。
4. 税务合规性
- 利息支出税前扣除：公司支付的借款利息若符合税法规定（如利率合法、票据齐全），可在税前扣除。若利息支出不合法或票据不全，可能面临税务调整或处罚。
- 增值税处理：若借款涉及关联方交易，需关注增值税处理是否合规，避免转移利润或偷逃税款。
5. 潜在法律风险
- 非法集资风险：若公司通过公开宣传、承诺保本付息等方式向不特定对象借款，可能涉嫌非法集资，面临刑事处罚。
- 破产风险：若公司借款后无法偿还，可能面临破产清算。此时，借款合同效力、债权人顺序等均需依法处理。
建议
- 审查合同条款：确保借款合同内容合法、明确，避免模糊条款或隐藏费用。
- 核实资金来源：确保借款资金来源于合法渠道，避免涉及非法活动。
- 遵守内部程序：履行公司内部决策程序，确保借款行为合法合规。
- 关注税务合规：确保利息支出、增值税处理等符合税法规定。
- 咨询专业律师：若涉及大额借款或复杂交易结构，建议提前咨询律师，规避法律风险。
如有具体法律问题，可直接向我咨询。