如果被原配起诉，是否会留有案底记录，这主要取决于起诉的性质以及诉讼过程中的行为。

首先，要明确的是，案底通常指的是某人过去犯罪行为的记录。在原配起诉“小三”的情境中，如果起诉是基于民事纠纷，比如要求返还夫妻共同财产、追究侵权责任等，并且整个诉讼过程都是合法合规的，没有涉及任何刑事犯罪，那么这种情况下是不会留下刑事意义上的案底的。民事案件的处理结果主要是确定当事人之间的权利义务关系，比如财产的返还、赔偿等，这些并不会构成犯罪记录。

然而，如果在诉讼过程中存在伪造证据、虚假陈述、妨碍诉讼等违法行为，并且这些行为被法院认定构成违法犯罪，那么就可能会面临相应的法律制裁，这种情况下就有可能会留下案底。但这种情况是比较特殊的，它并不是因为被起诉本身而产生的案底，而是因为在诉讼过程中的违法行为所导致的。

因此，如果被原配起诉，首先要保持冷静，仔细研究起诉状，明确原配的诉求及所依据的事实和理由，并收集相关证据来维护自己的合法权益。同时，也要尊重法律和他人合法权益，避免在诉讼过程中采取任何违法行为。

总的来说，单纯的原配起诉“小三”的民事诉讼，如果没有涉及违法犯罪情形，是不会留下案底的。但如果在诉讼过程中存在违法行为并被认定构成犯罪，那么就有可能会留下案底。所以，在处理这类纠纷时，一定要依法行事，尊重法律和他人的权益。