结论：公司做坏产品扣2500元是否合法，不能一概而论，需结合具体情况及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同及公司规章制度的角度
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确规定了因产品质量问题导致公司损失时，员工需承担的赔偿责任及具体金额，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照合同约定扣除2500元可能是合法的。
- 但若劳动合同中未作此约定，或约定不明确，公司则不能随意扣除员工工资。
公司规章制度：
- 公司规章制度中若规定了因员工原因导致产品质量问题时的赔偿责任，且该规章制度经过民主程序制定、公示并告知员工，那么公司依据规章制度扣除相应款项可能是合法的。
- 然而，若规章制度未经过民主程序制定、未公示或未告知员工，则该规章制度对员工不具有约束力，公司不能据此扣除员工工资。
二、从法律法规的角度
《工资支付暂行规定》：
- 根据该规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 因此，若员工当月工资较高，扣除2500元后剩余工资仍不低于当地月最低工资标准，且扣除比例未超过当月工资的20%，则公司扣除2500元可能是合法的。反之，则可能不合法。
《劳动合同法》：
- 该法规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。若因劳动者原因导致用人单位损失，用人单位有权要求劳动者承担赔偿责任，但赔偿金额应合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 因此，公司扣除2500元作为赔偿时，需确保该金额合理且不违反法律法规。
三、从实际操作的角度
- 证据收集：公司需提供充分证据证明产品质量问题是由员工造成的，以及该问题给公司造成的实际损失金额。若无法提供充分证据，公司扣除员工工资的行为可能被认定为违法。
- 协商与沟通：在扣除员工工资前，公司应与员工进行充分协商和沟通，解释扣除原因和金额，并听取员工的意见和解释。若员工对扣除行为有异议，公司应妥善处理，避免引发劳动争议。
建议
- 对于公司：在制定劳动合同和规章制度时，应明确规定因员工原因导致产品质量问题时的赔偿责任及具体金额。同时，在扣除员工工资前，应确保有充分证据证明员工责任及损失金额，并与员工进行充分协商和沟通。
- 对于员工：若认为公司扣除工资的行为不合法或不合理，可与公司进行协商或向劳动监察部门投诉。必要时，可寻求法律援助或提起劳动争议仲裁。
总结：公司做坏产品扣2500元是否合法，需结合劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规进行综合判断。在实际操作中，公司应确保扣除行为合法、合理且证据充分，员工也应了解自己的权益并积极维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。