当公司面临破产清算时，对于在职员工的处理是一个涉及法律权益保障的重要问题。以下是对此问题的详细解答：
一、员工权益的优先保障
在公司破产清算的过程中，员工的权益是受到法律优先保护的。根据《中华人民共和国企业破产法》及相关法律法规，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，会首先用于清偿以下费用：
- 工资和医疗、伤残补助、抚恤费用：这是员工最基本的劳动报酬和福利保障，必须得到优先支付。
- 社会保险费用：包括应当划入职工个人账户的基本养老保险费、基本医疗保险费等，这些费用关系到员工的长期社会保障。
- 法定补偿金：根据员工在公司的工作年限和劳动合同约定，员工有权获得相应的经济补偿。
二、经济补偿的计算方法
经济补偿是员工在破产清算中可能获得的重要权益之一。其计算方法主要依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：
- 按工作年限计算：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 月工资的定义：指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
三、员工债权的申报与确认
在公司进入破产程序后，员工应及时向管理人申报债权。管理人会调查员工债权并列出清单进行公示。如果员工对清单记载有异议，可以要求管理人更正；如果管理人不予更正，员工可以向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的处理
- 资产不足时的处理：如果公司资产不足以清偿同一顺序的清偿要求，那么这些资金将会按照相应的比例进行分配。这意味着部分员工的权益可能无法得到全额兑现。
- 高管工资的调整：破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资会按照该企业职工的平均工资计算，以体现公平原则。
五、建议与注意事项
- 及时了解破产进展：员工应密切关注公司破产清算的进展情况，及时与管理人沟通，了解自己的权益保障情况。
- 保留相关证据：员工应保留好与公司的劳动合同、工资单、社保缴纳记录等相关证据，以便在需要时证明自己的权益。
- 寻求法律援助：如果员工在破产清算过程中遇到法律问题或权益受到侵害，可以寻求专业律师的法律援助。
综上所述，公司破产清算时在职员工的处理是一个复杂而重要的问题。员工应依法维护自己的权益，同时了解并遵守相关法律法规的规定。