若遇到书记员是原告熟人且经常找被告麻烦的情况，被告可采取以下措施维护自身合法权益：

1. 及时提出异议
   根据《民事诉讼法》第四十四条，审判人员（包括书记员）与案件有利害关系或其他可能影响公正审理的关系时，当事人有权申请其回避。被告若发现书记员存在偏袒行为（如记录不实、故意遗漏关键陈述等），应立即向法庭提出书面回避申请，并说明具体事实依据（如书记员与原告的熟人关系、具体不当行为等）。法院需在3日内作出决定，若驳回申请，被告可申请复议一次。

2. 固定证据链
   被告需通过合法方式留存书记员不当行为的证据，例如：

   • 庭审录音录像（若法庭允许）；
     
   • 书面记录与实际陈述不符的对比材料；
     
   • 证人证言（如其他旁听人员目击书记员偏袒行为）；
     
   • 通信记录（如书记员与原告私下联系证明）。
     证据需形成完整链条，证明书记员行为已影响案件公正审理。

3. 向上级法院或监督部门反映
   若法庭未及时处理回避申请或偏袒行为持续，被告可向上一级法院投诉，或通过12368诉讼服务热线、法院监察部门举报。根据《人民法院工作人员处分条例》，书记员若存在故意偏袒、篡改记录等行为，可能面临警告、记过甚至开除处分。

4. 申请审判监督程序
   若案件已判决且被告认为书记员行为导致裁判不公，可在判决生效后6个月内申请再审，依据《民事诉讼法》第二百零七条，以“审判人员审理案件时有贪污受贿，徇私舞弊，枉法裁判行为的”为由主张撤销原判。

风险提示：被告需避免直接与书记员发生冲突，所有异议均应通过书面形式向法庭提出，防止被认定为“扰乱诉讼秩序”。若缺乏法律经验，建议委托律师协助处理程序性事务，确保维权行为合法有效。

如有进一步细节需分析（如具体偏袒行为、案件阶段等），可继续向我说明。