取保候审期间打卡逾期两次，可能面临以下后果，需结合具体情节和司法机关处理方式综合判断：

1. 警告或训诫
   若逾期行为情节较轻（如因疏忽未及时打卡），司法机关可能先通过电话、书面通知等方式警告，要求严格遵守取保候审规定。根据《刑事诉讼法》第71条，被取保候审人需遵守“按照执行机关要求报告个人情况”的规定，轻微违规通常以教育为主。

2. 没收保证金或变更强制措施
   若逾期行为被认定为“违反取保候审规定”，司法机关可能根据情节轻重采取以下措施：

   • 没收部分或全部保证金：根据《刑事诉讼法》第71条，若违反规定且情节严重，可没收保证金；
     
   • 变更强制措施：如逾期行为伴随逃避侦查、串供等风险，可能被改为监视居住或逮捕。例如，若逾期打卡是因故意隐藏行踪，可能被认定为“可能实施新的犯罪”，从而被逮捕。

3. 影响案件审理结果
   若逾期行为被记录在案，可能成为法官量刑时的考量因素。虽然取保候审期间的违规行为不直接决定罪名成立与否，但可能影响对被告人社会危险性的评估，进而影响缓刑适用或从宽处罚的幅度。

建议：

• 立即联系执行机关（如派出所）说明情况，补交打卡记录并提交书面说明，强调非主观故意；
  
• 严格遵守后续规定，避免再次违规；
  
• 若已被通知没收保证金或变更措施，可申请复议或委托律师介入沟通。
  

关键点：司法机关对取保候审的监管核心是“防止社会危险性”，逾期打卡的后果取决于是否被认定为“违反规定”及情节严重程度。如有具体情节（如逾期时长、原因等），可进一步分析。