关于运输不合法货物的赔偿问题，需结合货物性质、运输合同约定及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 运输合同效力与责任划分
   若运输合同明确约定禁止运输违法货物（如毒品、管制物品等），且承运人明知或应知货物违法仍运输，则合同可能因违反法律强制性规定而无效。此时，双方需根据过错程度承担责任：

   • 托运人责任：若托运人故意隐瞒货物违法性，需承担主要赔偿责任，包括但不限于货物价值损失、运输费用返还、行政处罚罚款等。
     
   • 承运人责任：若承运人未尽到合理审查义务（如未核对货物清单、未检查运输许可），可能被认定为共同违法，需承担连带责任或按份责任。

2. 行政处罚与民事赔偿的竞合
   根据《中华人民共和国行政处罚法》及《民法典》，运输违法货物可能同时触发行政处罚（如罚款、没收违法所得）和民事赔偿：

   • 行政处罚：由交通管理部门或公安机关对托运人、承运人处以罚款、吊销运输许可等处罚。
     
   • 民事赔偿：若运输行为导致第三方损失（如货物爆炸造成他人财产损害），受害方可依据《民法典》第1165条要求侵权人赔偿。

3. 特殊情形下的责任免除

   • 不可抗力：若货物违法性因政策突变导致（如运输途中某类货物被列为违禁品），且承运人已尽到合理注意义务，可能部分或全部免责。
     
   • 紧急避险：若承运人因避免更大危害而运输违法货物（如抢救危化品泄漏），需证明行为必要性，否则仍需担责。

建议行动：

• 立即停止运输行为，向主管部门报告；
  
• 固定证据（如运输合同、货物清单、沟通记录）；
  
• 协商赔偿时明确责任比例，避免单方承诺；
  
• 若涉及刑事风险（如运输毒品），及时委托律师介入。

如有具体案件细节，可进一步向我说明，我将结合证据链提供更精准的分析。