妻子自认5万工资而判决书却认为3万元工资，确实可能构成事实认定不清。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 事实认定不清的定义与后果

1. 定义：事实认定不清通常指的是在司法程序中，对于案件的关键事实，法院的判断与当事人的主张或证据所显示的情况存在明显差异。
2. 后果：事实认定不清可能导致判决结果的不公正，影响当事人的合法权益，甚至可能引发上诉或再审程序。

二. 本案分析

1. 妻子自认与判决书认定的差异：本案中，妻子自认工资为5万元，而判决书却认定为3万元。这种差异明显，且直接关系到案件的实体处理结果。
2. 证据审查：法院在认定事实时，应全面、客观地审查当事人提交的证据。若妻子提供了充分的证据证明其工资为5万元，而法院却未予采纳，则可能构成事实认定不清。
3. 判决理由：判决书应详细阐述法院认定事实的依据和理由。若判决书未对为何认定工资为3万元给出充分、合理的解释，也可能构成事实认定不清。

三. 法律依据

1. 《中华人民共和国民事诉讼法》第七条：人民法院审理民事案件，必须以事实为根据，以法律为准绳。
2. 《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第六十四条：审判人员应当依照法定程序，全面、客观地审核证据，依据法律的规定，遵循法官职业道德，运用逻辑推理和日常生活经验，对证据有无证明力和证明力大小独立进行判断，并公开判断的理由和结果。

四. 处理建议

1. 查阅案卷：建议当事人及其律师查阅案卷材料，了解法院认定事实的具体依据和理由。
2. 上诉或申请再审：若确实存在事实认定不清的情况，当事人可以依法提起上诉或申请再审，请求法院重新审理并作出公正判决。

综上所述，妻子自认5万工资而判决书却认为3万元工资，确实可能构成事实认定不清。建议当事人及其律师根据具体情况采取相应的法律措施，以维护自身合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。