针对您提出的“违规占用永久基本农田怎么处理”的问题，我将从行政处罚、刑事处罚以及后续处理措施三个方面为您进行详细解答。
一、行政处罚
当发现有人未经批准或骗取批准非法占用永久基本农田时，自然资源主管部门会采取一系列行政处罚措施。这些措施包括但不限于：
责令退还土地：要求违规占用者立即停止占用行为，并将所占用的永久基本农田退还给原土地所有者或使用者。
限期拆除新建建筑物：对于在永久基本农田上新建的建筑物或其他设施，自然资源主管部门会责令违规者在规定期限内拆除，并恢复土地原状。
恢复种植条件：违规占用者需负责将所占用的永久基本农田恢复到可耕种状态，包括土壤改良、排水设施修复等。
罚款：根据违规占用的面积和情节严重程度，自然资源主管部门会对违规者处以罚款。罚款额度通常为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。
处分相关责任人员：对于涉事单位的相关责任人员，如直接负责的主管人员和其他直接责任人员，会依法给予处分。
二、刑事处罚
如果违规占用永久基本农田的行为构成犯罪，如非法占用永久基本农田发展林果业或挖塘养鱼，且数量较大、造成大量毁坏的，将依法追究刑事责任。具体处罚如下：
有期徒刑或拘役：根据《刑法》第三百四十二条的规定，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役。
罚金：在判处有期徒刑或拘役的同时，还可能并处或单处罚金。罚金的具体数额会根据犯罪情节和造成的损失程度来确定。
三、后续处理措施
除了行政处罚和刑事处罚外，对于违规占用的永久基本农田，还需要采取一系列后续处理措施：
复垦：违规占用者需负责将所占用的永久基本农田恢复到可耕种状态。这包括土壤改良、排水设施修复、植被恢复等工作。复垦工作需按照规定的标准和要求进行，确保土地能够重新用于农业生产。
拆除违规建筑：对于在永久基本农田上违规建设的建筑物或其他设施，需依法进行拆除。拆除工作需由相关部门组织进行，确保拆除过程安全有序。
加强监管：为防止类似事件再次发生，自然资源主管部门需加强监管力度，定期对永久基本农田进行巡查和检查。同时，建立健全举报奖励机制，鼓励群众积极参与监督，共同保护永久基本农田资源。
综上所述，违规占用永久基本农田将面临严厉的行政处罚和刑事处罚。为保护珍贵的耕地资源，我们应严格遵守土地管理法规，共同维护国家粮食安全和生态安全。如果您或身边人遇到此类问题，建议及时向自然资源主管部门举报并寻求法律帮助。