针对您提出的“备案文件主要负责人不签字盖公章是否有效”的问题，我们可以从法律效力和文件规范性的角度进行深入分析。
首先，从法律效力的角度来看，一份文件要具备法律效力，通常需要满足几个基本条件：一是文件内容必须合法，不违反法律法规的强制性规定；二是文件形式要符合法律要求，比如需要签字的文件，签字就是其形式要件之一；三是文件应当由具有相应权限的主体签署或盖章。在备案文件中，主要负责人的签字往往被视为对文件内容认可和负责的重要表示，如果缺少这一环节，可能会引发对文件真实性和合法性的质疑。
其次，从文件规范性的角度来看，备案文件作为记录重要信息和事项的文档，其规范性和完整性对于后续的管理和审计至关重要。主要负责人的签字不仅是文件完成的一个标志，也是对文件内容准确性和完整性的确认。如果主要负责人没有签字，而是仅通过盖公章来替代，这可能会被视为文件制作过程中的不规范行为，影响文件的权威性和可信度。
具体到您的情境，如果备案文件中的主要负责人没有签字，而是仅盖了公章，这可能会带来以下几个问题：
法律效力存疑：缺少主要负责人的签字，可能会使得文件的法律效力受到质疑，特别是在需要法律证明或审计的场合。
管理风险增加：不规范的文件制作流程可能会增加管理风险，比如在未来出现争议或纠纷时，难以证明文件的真实性和合法性。
审计不通过：在审计过程中，如果发现备案文件缺少主要负责人的签字，可能会被视为管理漏洞或不合规行为，导致审计不通过。
因此，备案文件中主要负责人不签字而仅盖公章，在大多数情况下是不被视为有效或规范的。为了确保文件的法律效力和规范性，建议主要负责人在备案文件上签字并加盖公章，以双重确认文件的内容和真实性。如果确实存在特殊情况导致主要负责人无法签字，应当考虑通过其他合法途径进行确认和授权，以确保文件的合法性和有效性。