机动车与非机动车双方责任各50%时，理赔应先由机动车的交强险在责任限额内赔偿，超出部分双方各自承担50%。

一. 理赔流程

1. 交强险赔偿：首先，由机动车的交强险在责任限额内进行赔偿。交强险的医疗费用赔偿限额是18000元，财产损失赔偿限额是2000元。对于非机动车方的损失，机动车方应在交强险限额内先行赔偿。
2. 超出部分分担：若交强险赔付资金不能覆盖全部损失，超出部分由双方各自承担50%。例如，非机动车损失10万元，交强险赔8万元，剩余2万元双方各担1万元。

二. 法律依据

• 《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条：机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故，非机动车驾驶人、行人没有过错的，由机动车一方承担赔偿责任；有证据证明非机动车驾驶人、行人有过错的，根据过错程度适当减轻机动车一方的赔偿责任。同等责任即表明双方都有过错，一般先由机动车交强险在责任限额范围内予以赔偿，超出交强险部分，双方按同等责任比例分担，通常是各承担50%。

三. 理赔注意事项

• 在理赔过程中，双方应保留好相关证据，如事故现场照片、医疗诊断证明等，以确保理赔流程的顺利进行。
• 若协商不成，可通过诉讼解决。诉讼中要注意诉讼时效，一般为三年，从事故发生或知道权益受损时起算。

我建议，在发生此类事故时，双方应首先保持冷静，及时报案并保护现场证据。随后，按照交强险的赔偿流程进行理赔，对于超出部分，双方应依据责任比例进行分担。如有进一步需要，您可以继续咨询我。