鉴定函询上公章真伪需要通过法院指定的程序进行，包括提出申请、选定鉴定机构、提交鉴定材料、进行专业鉴定、鉴定报告质证以及法院采信等步骤。以下是详细的鉴定流程：

一. 明确鉴定需求与提出申请

• 当事人在对函询上的公章真伪存在疑问时，应在法院指定的举证期限内向法院提交书面鉴定申请。申请书需详细说明申请鉴定的事项（即请求鉴定函询上公章的真伪）以及申请鉴定的理由。

二. 选定鉴定机构

1. 协商选定：法院审核通过后，会组织双方当事人协商选择具备资质的鉴定机构，共同确定一家双方都认可的鉴定机构。
2. 摇号选定：若双方当事人无法就鉴定机构的选择达成一致，法院将通过摇号等随机方式从本地具备公章鉴定资质的鉴定机构名单中确定鉴定机构，以确保程序公正透明。

三. 提交鉴定材料

• 法院确定鉴定机构后，会将鉴定所需的材料移交给鉴定机构，包括供比对的样本公章印鉴（需是真实有效的、在相关部门备案的公章印模）以及需要鉴定真伪的函询文件。

四. 进行专业鉴定

1. 专业检验：鉴定机构收到材料后，会安排专业鉴定人员运用专业技术和设备对样本和检材进行细致检验，包括印文的字体、大小、笔画形态等多个方面。
2. 出具报告：鉴定完成后，鉴定机构会出具正式的鉴定报告，明确表述对公章真伪的鉴定意见，并详细阐述鉴定所依据的技术方法、分析过程及结论理由。

五. 鉴定报告质证

1. 报告送达：鉴定报告出具后，法院会将报告送达给双方当事人，给予一定的时间来查阅和研究鉴定报告内容。
2. 开庭质证：在庭审过程中，鉴定报告将作为重要证据接受双方当事人的质证。当事人可对鉴定机构的资质、鉴定程序的合法性等提出质疑，并发表意见。

六. 法院采信

• 法院将综合全案证据及双方当事人对鉴定报告的质证意见，对鉴定报告进行审查判断。若认为鉴定报告真实、合法且与案件相关联，则会依法采信该鉴定报告，作为判定公章真伪及案件事实的重要依据。

我建议在鉴定过程中，当事人应积极配合法院工作，提供必要的鉴定材料和信息，并密切关注鉴定进展。同时，也有权对鉴定过程和结果提出质疑，以维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。